Un jour, Kogorô reçoit à l'agence un coup de téléphone. Au bout du fil, une personne qui lance un avertissement concernant l'explosion d'une bombe. À la fin du message, l'auteur laisse un code "Le Garçon en Bleu et Le Zèbre Bleu, La pluie venant d'en haut...". Si Conan arrive à déchiffrer ce code, il pourra stopper la bombe. C'est une nouvelle aventure qui commence pour Conan et les Détectives Boys. L'histoire prendra place dans un stade, lors d'une rencontre de foot entre l’équipe des Tôkyô Spirits, de Hideo Akagi, et celle des Big Ôsaka de Ryûsuke Higo.

Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").

Dans un temple de Tôkyô, trois hommes se réunissent secrètement lorsque surgit subitement une ombre noire portant un masque d'Okina qui les élimine un à un, à l'aide d'un arc et d'une épée. Au même moment, à Osaka et Kyôto, deux meurtres sont également commis. L'enquête des forces de police démontre que ces cinq individus appartient à un même groupe de voleurs appelé "Genjibotaru", qui ont déjà sévi dans les villes de Tôkyô, Osaka et Kyôto, dérobant divers objets et œuvres d'art. La police, elle, ne parvient pas à trouver le mobile de ces différents meurtres : vengeance ? conflits internes ?

Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse grièvement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse d'opéra Akiba Reiko, Conan et ses amis ne tardent pas à découvrir que cette dernière est déjà devenue la cible d'un agresseur particulièrement audacieux et prêt à tout pour la réduire au silence. Mais pour quelle raison ?

L'oncle de Sonoko Suzuki, Jirokichi, a invité Conan et ses amis dans le plus grand dirigeable au monde, le Bell Tree, où se trouve un diamant d'une valeur inestimable. Tout ceci n'est que ruse afin de pouvoir enfin capturer le célèbre Kaito Kid. Mais de mystérieux terroristes armés jusqu'aux dents font irruption, et injecteront un virus mortel dans le dirigeable si leurs requêtes se sont pas satisfaites. Conan et ses amis sont piégés, commence alors une bataille pour survivre ! Pourront-ils sortir de cette situation ?

L'entourage de Kogoro Mouri est en danger ! Un ancien détenu, que notre détective a mis sous les verrous dans le passé, ressurgit et s'attaque aux proches de Mouri en commençant par l'inspecteur Megure et le professeur Agasa. Shinichi Kudo, alias Conan Edogawa, va devoir faire de tout son possible pour éviter toute victime et mettre rapidement un terme aux agissements de ce meurtrier. Parallèlement, Ran apprendra la raison pour laquelle son père a quitté la police et sa femme : Eri Kisaki.

Against the backdrop of a military dictatorship, Eugenia is reunited with her estranged family following her father’s stroke and is forced to confront dark secret.

Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...

Un attentat à la bombe frappe en automne le siège de Nichiuri TV où a lieu la coupe Satsuki, un concours national de jeu de cartes karuta. L'incident provoque une grande agitation et, alors que le bâtiment brûle, les seules personnes restées à l'intérieur sont Heiji et Kazuha. Ils sont sauvés in-extremis par Conan, qui se précipite sur les lieux. L'identité et les buts du terroriste sont inconnus.

À bord d'un luxueux bateau, Conan et toute sa petite troupe au grand complet voguent au grès de cette paisible croisière. Bien évidement, un évènement viendra rapidement briser cette utopique félicité : le meurtre de l'un des passagers. Cet incident déclenchera une réaction en chaîne allant crescendo jusqu'à mettre en péril la vie des 600 passagers.

Une actrice de pièces de théâtre reçoit une lettre de Kaitô Kid, menaçant de voler un joyau appartenant à la jeune femme. Cette dernière décide de se faire aider par Kogoro Mouri. Selon lui, le vol aura lieu lors de la représentation de la pièce "Joséphine", à laquelle Julie (l'actrice) participe. Conan, Ran,les détectives Boys, Haibara et même Sonoko sont de la partie. Le Kid sera cette fois particulièrement facile à reconnaître (pour Conan, Agasa et Haibara en tout cas) car il se déguisera en Shinichi. Alors que la pièce avait été bien entamée, le Kid essaye de s'échapper mais Conan le poursuit et livre un combat contre lui en haut du théâtre.

Suite au décès accidentel et précoce de la reine Sakura et son fils Gilles, la princesse Mira se retrouve à être la principale prétendante à la succession au trône de Vespania de son défunt frère, une monarchie estimée pour un minerai spécial. Durant son voyage au Japon, après avoir échappé à une tentative d'assassinat lors d'une réception à laquelle étaient conviés Conan et le détective Kogouro Mouri, la princesse Mira fait la rencontre de Ran, la fille de Mouri qui est son sosie parfait. Elle profite donc de cette occasion pour échanger sa place de princesse avec cette dernière afin d'échapper à cette vie de souveraine. De l'autre côté, Jigen et Lupin parviennent à infiltrer les coulisses du royaume de Vespania afin de s'emparer de la couronne de la reine qui n'est rien d'autre que le trésor le plus précieux de ce pays. Ainsi, tout le monde se retrouve embarqué dans l'affaire relative au décès de la reine et du prince de Vespania.

L'histoire se déroule avec Conan Edogawa, Ai Haibara et leurs trois camarades de classe, les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Tokiwa Mio à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est la propriétaire. Kogoro Mouri, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : À qui Haibara téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les hommes en noirs qui guettent à proximité ?

Kid l'insaisissable continue ses agissements et veut cette fois s'emparer d'un œuf de Pâques de grande valeur. Ennemi juré de Conan, celui-ci tentera de l'arrêter alors qu'un autre danger le guette : un meurtrier du nom de Scorpion. D'autres prendront part à l'aventure, à savoir : Ran, Agasa, Mouri et les Détective Boys.

Conan Edogawa entreprend d'appréhender Lupin III, le suspect du vol d'un bijou appelé Cherry Sapphire. (Une suite de l'émission spéciale Lupin le troisième contre le détective Conan, 2009).

Il y a une explosion soudaine au bord géant des installations océaniques du sommet de Tokyo. L'ombre de Tōru AMOURO, qui travaille pour le Bureau de sécurité de l'Agence nationale de police comme Zéro, apparaît sur le site. En outre, le "triple-face" du personnage connu comme Rei FURUYA en tant que détective et apprenti de Kogoro Mouri, et il est également connu comme Bourbon , membre de l'organisation des hommes en noir. Kogorô est arrêté comme suspect pour l'explosion. Conan mène une enquête pour prouver l'innocence de Kogoro, mais AMOURO se met sur son chemin.

Pedro, Arturo et Eligio sont des amis de faculté. Ce sont des professeurs d'université, mais avec la crise, ils ont perdu leur emploi. Fatigués et sans le sou, ils trouvent accidentellement la solution à leurs problèmes grâce au projet de recherche sur lequel Pedro travaille depuis des années : un complexe de vitamines offrant un changement de phase sans effets secondaires. Les trois professeurs seront lancés dans le monde de la nuit et de l’activité louche, afin de commercialiser la marchandise. Bien sûr, il semble qu’ils ne soient pas si préparés qu’ils le pensaient.

Qui n’a jamais imaginé ce que ça ferait d’être dans la peau du sexe opposé, ne serait-ce qu’une journée ? Eh bien, pas Jeanne ! Fraichement divorcée, séparée de ses enfants une semaine sur deux, pour elle les mecs c’est fini, elle ne veut plus jamais en entendre parler. Mais un beau matin, sa vie s’apprête à prendre un drôle de tournant, à première vue rien n’a changé chez elle… à un détail près ! De situations cocasses en fous rires avec sa meilleure amie, de panique en remise en question avec son gynéco, notre héroïne, tentera tant bien que mal de traverser cette situation pour le moins… inédite.

Ancien membre de la police de Trenton, Tom Cutler se recycle comme nettoyeur de scènes de crimes, un métier honnête qui lui permet d'élever seul sa fille Rose avec la conscience tranquille. Lors de sa dernière mission, il s'aperçoit que le crime dont il a effacé les traces n'a jamais été signalé à la police. Quand Ann Norcut, la femme qui habite la maison où il vient d'intervenir, lui demande de l'aider à trouver une piste sur son mari disparu, Tom comprend qu'il a été piégé. Pour éviter de se voir impliqué dans cet assassinat, il va falloir qu'il aide Ann à découvrir la vérité. Eddie Lorenzo, son ancien co-équipier et ami, peut l'aider. Mais Tom va vite découvrir que tout le monde garde de lourds secrets.

Un garçon de 16 ans s'immisce dans la maison d'un élève de sa classe, et en fait le récit dans ses rédactions à son professeur de français. Ce dernier, face à cet élève doué et différent, reprend goût à l'enseignement, mais cette intrusion va déclencher une série d’évènements incontrôlables.