L'entourage de Kogoro Mouri est en danger ! Un ancien détenu, que notre détective a mis sous les verrous dans le passé, ressurgit et s'attaque aux proches de Mouri en commençant par l'inspecteur Megure et le professeur Agasa. Shinichi Kudo, alias Conan Edogawa, va devoir faire de tout son possible pour éviter toute victime et mettre rapidement un terme aux agissements de ce meurtrier. Parallèlement, Ran apprendra la raison pour laquelle son père a quitté la police et sa femme : Eri Kisaki.

Kid l'insaisissable continue ses agissements et veut cette fois s'emparer d'un œuf de Pâques de grande valeur. Ennemi juré de Conan, celui-ci tentera de l'arrêter alors qu'un autre danger le guette : un meurtrier du nom de Scorpion. D'autres prendront part à l'aventure, à savoir : Ran, Agasa, Mouri et les Détective Boys.

Un jour, Kogorô reçoit à l'agence un coup de téléphone. Au bout du fil, une personne qui lance un avertissement concernant l'explosion d'une bombe. À la fin du message, l'auteur laisse un code "Le Garçon en Bleu et Le Zèbre Bleu, La pluie venant d'en haut...". Si Conan arrive à déchiffrer ce code, il pourra stopper la bombe. C'est une nouvelle aventure qui commence pour Conan et les Détectives Boys. L'histoire prendra place dans un stade, lors d'une rencontre de foot entre l’équipe des Tôkyô Spirits, de Hideo Akagi, et celle des Big Ôsaka de Ryûsuke Higo.

Des meurtres en série dont les victimes sont des policiers provoquent un gros tremblement de terre à la préfecture de police. Face à Kogoro qui tente de recueillir des informations sur les faits, l'inspecteur Maigret reste étrangement silencieux. Conan, qui a vu ce qu'il se passait, suspecte un lien entre les événements et la police. Mais voilà que l'inspecteur Satô se fait tirer dessus ! Ran se trouve par hasard sur les lieux. Elle est tellement choquée qu'elle en perd la mémoire... Et ce n'est pas tout : le meurtrier n'en veux qu'à une seule cible : Ran !! Sachant le danger qu'elle court, Conan vole au secours de Ran et s'engage seul dans l'enquête...

On suit le match entre Shohoku et Tsukubu. Dans les versions animées et manga, ce passage est largement coupé ; on apprend simplement les résultats sans pour autant voir réellement la scène.

Dans un temple de Tôkyô, trois hommes se réunissent secrètement lorsque surgit subitement une ombre noire portant un masque d'Okina qui les élimine un à un, à l'aide d'un arc et d'une épée. Au même moment, à Osaka et Kyôto, deux meurtres sont également commis. L'enquête des forces de police démontre que ces cinq individus appartient à un même groupe de voleurs appelé "Genjibotaru", qui ont déjà sévi dans les villes de Tôkyô, Osaka et Kyôto, dérobant divers objets et œuvres d'art. La police, elle, ne parvient pas à trouver le mobile de ces différents meurtres : vengeance ? conflits internes ?

Ran, Conan, Kogoro et les Détectives juniors sont invités à se rendre dans un tout nouveau parc d'attraction. Sonoko, grâce à sa situation familiale, est aussi de la partie. Mais si Kogoro est présent c'est avant tout pour résoudre une affaire. On remet tout d'abord à chaque invité un bracelet électronique qui est un pass pour toutes les activités, il est actif jusqu'à 22h, heure de fermeture du parc. Tandis que les autres partent profiter du parc, Conan et Kogoro sont mis au courant de l'enquête à résoudre. Néanmoins ce mystérieux client ne leur facilite pas la tâche et le nombre d'indices est restreint.

Le célèbre détective Sherlock Holmes et son fidèle Dr Watson sont appelés pour résoudre une effroyable malédiction qui poursuit la malheureuse famille des Baskerville, décimée par un monstrueux chien, sorti tout droit de l'enfer, depuis que Sir Hugo, un ancêtre, tua une paysanne. Mais l'héritier actuel, qui arrive d'Afrique du Sud, ne croit pas en ces fariboles.

Une mystérieuse organisation du nom de Panther Claw enlève des jeunes filles à travers tout le Japon afin de puiser leur énergie et ainsi rendre jeunesse et beauté à son chef Sister Jill. La police se montre impuissante et seule une jeune fille semble à même de les arrêter. Grâce à l'invention de son père, l'I-System, elle peut se transformer en qui elle veut. Tour à tour employée de bureau, pilote de moto, musicien de rue ou officier de police, elle s'ingénie à déjouer les plans de Panther Claw. Son nom ? La guerrière de l'amour… Cutie Honey !

2049. Dans un futur déshumanisé où les sentiments n'ont plus le droit de cité, le jeune Zach est envoyé avec d'autres étudiants dans un camp expérimental. L'objectif : les soumettre à une éprouvante série de tests d'endurance physique et psychologique pour déterminer s'ils méritent d'intégrer la plus haute caste de la société. Mais tout bascule lorsque Zach rencontre Eva, membre d'une caste de clandestins vivant en pleine forêt, et dont il tombe éperdument amoureux. Zach va devoir livrer combat pour défendre sa liberté, et par dessus tout, son droit d'aimer qui il désire.

Un attentat à la bombe frappe en automne le siège de Nichiuri TV où a lieu la coupe Satsuki, un concours national de jeu de cartes karuta. L'incident provoque une grande agitation et, alors que le bâtiment brûle, les seules personnes restées à l'intérieur sont Heiji et Kazuha. Ils sont sauvés in-extremis par Conan, qui se précipite sur les lieux. L'identité et les buts du terroriste sont inconnus.

Ce film est découpé en 2 parties : La première, Death, résume les épisodes 1 à 24 de la série Evangelion. La seconde, Rebirth, constitue les 15 premières minutes de l'épisode 25' (l'épisode 25 TV remanié, amélioré, complété avec une histoire inédite jusqu'alors). La partie Death est un remontage, assez aléatoire, de la série TV. Ce remontage intègre plusieurs scènes inédites, qui ont été intégrées à la série TV dans sa version vidéo (sortie 2 ans après la première diffusion TV). La partie Rebirth n'est pas complète, car la Gainax n'a pas eu le temps de terminer leur projet (épisodes 25' et 26'). Il a alors été décidé de diffuser un premier film en mars, dans lequel serait montré un avant-goût du produit final (la partie Rebirth) et un autre film en été, qui serait cette fois la version complète.

Nous retrouvons tous nos héros en vacances à Okinawa, sur une île du Pacifique. Le guide qui s'occupe d'eux propose aux enfants une chasse au trésor. Cependant des évènements étranges ont lieu : une attaque de requins, un vol au musée... Tout semble lié à une vieille légende sur Mary Read et Anne Bonnie... car l'île est un lieu qui a donné naissance à une légende : on raconte en effet que deux femmes pirates auraient caché quelque part leur butin il y a plus de 300 ans. Évidemment, cette histoire attire les chasseurs de trésor et l’île sera le théâtre d’une nouvelle énigme à résoudre pour Conan, Ran et les autres.

L'oncle de Sonoko Suzuki, Jirokichi, a invité Conan et ses amis dans le plus grand dirigeable au monde, le Bell Tree, où se trouve un diamant d'une valeur inestimable. Tout ceci n'est que ruse afin de pouvoir enfin capturer le célèbre Kaito Kid. Mais de mystérieux terroristes armés jusqu'aux dents font irruption, et injecteront un virus mortel dans le dirigeable si leurs requêtes se sont pas satisfaites. Conan et ses amis sont piégés, commence alors une bataille pour survivre ! Pourront-ils sortir de cette situation ?

Lors d'une visite d'inauguration de la Bell Tree Tower du groupe Suzuki, Conan assiste impuissant au meurtre d'un guide, tué d'une balle de MK-11. Se lançant à sa poursuite, Conan rencontre Masumi Sera qui le guidera jusqu'a un port et lui sauvera la vie. En même temps, le sniper élimine plusieurs voitures de polices et se trouve poursuivie par le trio d'agent du FBI, Camel, Jodie et James

La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".

Un jour de décembre, le gouverneur Asakura, qui a été réélu comme Gouverneur de Tokyo, reçoit une mystérieuse lettre d'avertissement. Celle-ci menace de faire sauter le tout nouveau tunnel souterrain municipal qu'il doit inaugurer le lendemain. Heureusement, Conan en entend parler par Kogoro, et en voyant une mystérieuse personne dans le tunnel, il arrive à prévenir les passagers du train et il n'y a aucune victime après l'explosion de plusieurs bombes. La police a beaucoup de mal à désigner un suspect, mais une autre construction initiée par Asakura est menacée. Qui est le poseur de bombes et l'assassin d'Hikawa ? Qu'est-il vraiment arrivé au fils de Fuyumi ? Conan et les détectives boys veulent résoudre ces mystères, mais attention ! Quelqu'un les suit à la trace, et en montagne, si on reste quinze minutes sous une avalanche, on meurt ! De nombreux dangers les attendent ! Sauront-ils les surmonter ?

Il y a une explosion soudaine au bord géant des installations océaniques du sommet de Tokyo. L'ombre de Tōru AMOURO, qui travaille pour le Bureau de sécurité de l'Agence nationale de police comme Zéro, apparaît sur le site. En outre, le "triple-face" du personnage connu comme Rei FURUYA en tant que détective et apprenti de Kogoro Mouri, et il est également connu comme Bourbon , membre de l'organisation des hommes en noir. Kogorô est arrêté comme suspect pour l'explosion. Conan mène une enquête pour prouver l'innocence de Kogoro, mais AMOURO se met sur son chemin.

Tout commence alors que Kogoro, Ran, Conan, les détectives Boys et Haibara sont invités à une soirée d'inauguration d'un jeu vidéo virtuel appelé "Cocoon". Sonoko dont le père a participé à l'élaboration du jeu est aussi présente. Lors de cette soirée, les enfants de ceux qui auront participé à la création du jeu pourront le tester. Conan reçoit le badge d'entrer à la démo par le professeur Agasa qui avait aussi participé à la création de Cocoon avec Yusaku Kudo, le père de Shinichi. A la grande surprise de Conan, les détectives Boys et Haibara ont réussi à obtenir des badges. Alors que tout les enfant sont sur le point d'entrer dans les capsules qui permettent d'entrer dans le jeu, Sonoko donne son badge à Ran pour que celle-ci accompagne Conan.

Retrouvez la bande de Scoob alors qu’ils sont maudits par le fantôme de Morgan Le Frey et renvoyés à l’époque du Roi Arthur, qui est sous le contrôle de la sorcière maléfique. Voulant se couper un morceau de fromage, Sammy tire involontairement Excalibur de sa pierre ce qui sème le doute sur qui est le souverain légitime ! Merlin, le sorcier légendaire, apparaît et déclare que le trône de Camelot doit se jouer au cours d’un duel ! Nos héros mettent alors tout en oeuvre pour tenter de remporter le tournoi, briser le sors sous lequel est le roi Arthur et retrouver le chemin du présent !