Un an après la défaite de Godzilla aux mains de MechaGodzilla, le Japon répare Kiryu (le nom donné à Mechagodzilla) et s'apprête à reconstruire la ville détruite. Le grand-père d'un des hommes de maintenance du robot est visité par les shojibin, les petites jumelles qui parlent au nom de Mothra, de vieilles connaissances puisqu'il les a rencontrées il y a 43 ans. Elles rappellent que Kiryu est bâti sur le squelette du Godzilla original et que ses os devraient reposer en paix. Si les autorités s'entêtent à utiliser le robot, Mothra ne viendra pas les aider si Godzilla refait surface et pourrait même devenir ennemie de l'humanité.

47 ans se sont écoulés depuis l'apparition de Godzilla et aujourd'hui, le grand monstre est de plus en plus considéré comme une simple légende. Mais d'étranges disparitions de navires commencent à se produire et bientôt, leur origine ne fait plus de doute : Godzilla est de retour pour réduire le Japon en miettes. Au même moment, Yuri, une jeune journaliste, rencontre un vieux prophète qui lui annonce que le combat ultime pour la survie du pays est sur le point de commencer. Car cette fois, le Japon n'est pas sans défense face au roi des monstres : Baragon, Mothra et King Ghidorah, ses monstres protecteurs, vont sortir de leur sommeil pour tenter de le vaincre. Et personne ne sortira indemne de la « battle royale » qui s'annonce...

À la suite d'une vague incessante de guerres et d'une croissance démesurée de la pollution, d'énormes monstres font leur apparition. Heureusement pour l'humanité, l'EDF (Earth Defense Force), veille et emploie des unités mutantes pour combattre la nouvelle menace. Lorsque les différentes créatures gigantesques se mettent à attaquer simultanément les diverses capitales de la planète, l'EDF se retrouve soudainement impuissante face à l'énorme invasion.

Aujourd'hui, l'équipe de militaires et de scientifiques spécialement désignée pour annihiler Godzilla pense avoir trouvé la solution : aspirer ce dernier dans un trou noir miniature, le confinant ainsi dans une prison dont il ne pourra plus jamais s'échapper. Mais après un premier essai à première vue réussi, un petit imprévu survient alors que toute l'équipe a déjà plié bagages. Le trou noir ne s'étant, malgré les apparences, pas tout à fait refermé, un énorme insecte ailé en émerge et pond un œuf avant de repartir. Un enfant s'en empare et, par un concours de circonstances, est amené à le cacher dans les égouts. L'œuf finit par éclore et bientôt, une gigantesque méganula arpente la ville à la recherche de nourriture.

Afin de trouver un traité de paix entre la Corée du Nord et les États-Unis, le président sud-coréen Han Kyeong-Jae participe à un sommet avec le leader nord-coréen et le président des États-Unis. Dans l'intervalle, un coup d'État a lieu en Corée du Nord, mené par le chef du commandement de la garde suprême (en) qui s’oppose à tout traité de paix. C'est alors que les trois dirigeants sont enlevés et détenus dans un sous-marin nucléaire nord-coréen, provoquant une crise risquant de dégénérer à tout moment.

Des extraterrestres, venus d'un système nébulaire détruit, planifient l'invasion de la planète Terre en prenant comme couverture un parc d'attraction pour enfants. En réalité, la tour Godzilla qu'ils ont construit leur sert à contrôler Gigan et King Ghidorah qui détruisent tout sur leur chemin. Godzilla et son ami Anguirus tentent d'arrêter les deux monstres de l’espace.

Un œuf géant est mis à jour sur l'île de Infant Island. Les personnes envoyées sur place font la connaissance des deux Cosmos, femmes lilliputiennes télépathes. Ces dernières expliquent que l'œuf est celui de Mothra, le défenseur de Gaia. Mais pendant son transfert maritime vers le Japon, l'œuf est attaqué par Godzilla, et éclot rapidement pour libérer la larve de Mothra. Dans le même temps, une autre larve, celle de Battra, se joint au combat. Mothra réussit à s'échapper, pendant que Godzilla et Battra sont engloutis dans une faille sous-marine.

Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés suite au réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.

Devant l'accroissement de la pollution des mers, le roi de Seatopia décide de prendre des mesures : envahir le monde de la surface en envoyant le monstre Megalon. Pour aider Megalon, des agents sont envoyés dérober un robot qui servira de guide d'attaque au monstre : Jet Jaguar. Megalon détruisant tout sur son passage, on décide d'appeler Godzilla à l'aide pour vaincre le monstre...

Malgré leur multiples alliances, l'armée du Japon et Godzilla sont toujours ennemis. L'armée décide donc de construire un nouveau Mechagodzilla. Malheureusement, celui-ci subit des pannes toutes les 10 minutes. L'armée est donc obligée de reprendre le modèle original, qui se révolte et qui part attaquer Godzilla.

Une ancienne légende dit que le soleil deviendra rouge et qu'un monstre du ciel viendra détruire la Terre avant d'être arrêté par deux monstres terrestres. Peu de temps après la découverte d'une grotte dédiée à une divinité ancienne, un robot ressemblant à Godzilla et envoyé par des extraterrestres apparaît et commence à tout détruire...

Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance. Parallèlement, les pêcheurs de la baie de Yokohama ramènent un œuf géant et mystérieux qui est aussitôt acheté par Toharata, un homme d'affaires véreux. Malgré les recommandations du professeur Miura, inquiets de ce qui se cache dans l'œuf, Toharata décide d'en faire une attraction particulièrement lucrative pour les touristes et les curieux. À leur grande stupéfaction, de petites fées apparaissent pour reprendre l'œuf aux humains. Les « Aelinas », comme elles se nomment, sont décidés à récupérer ce qui appartient à leur déesse, la phalène géante Mothra.

L'armée tente encore et toujours de tuer Godzilla, tandis que le Pr Shinoda suit le monstre à la trace pour tenter de percer le secret de son invulnérabilité. Un étrange météore est retrouvé au fond de l'eau et remonté. Le météore ne tarde pas à dévoiler sa vraie nature : un OVNI dont l'occupant s'intéresse de très près au pouvoir régénérateur de Godzilla...

Samantha Caine, paisible institutrice dans une petite ville, souffre d'amnésie. Un accident vient réveiller en elle un passé mystérieux et pour le moins agité. Épaulée par un détective privé à la morale douteuse, elle se lance dans la quête de sa véritable identité et découvre qu'elle est aussi un agent surentrainé, impliqué dans les activités les plus inavouables du gouvernement américain.

Dans les temps anciens, la Terre fut confrontée à sa plus grande menace; un démon du nom de Piccolo aidé de son fidèle serviteur, Oozaru le singe géant terrassèrent l'espèce humaine au point de quasiment l'anéantir. Finalement un groupe de valeureux guerriers créa le "Mafuba", un puissant enchantement qui enferma Piccolo au centre de la Terre. Son maître ayant été vaincu, Oozaru disparut et le monde retrouva doucement son équilibre. Décidées à prendre leur revanche, les forces du Mal sont désormais de retour, et un seul guerrier d'exception est capable d'empêcher le pire. Le jeune Son Goku va alors découvrir le jour de ses 18 ans que son destin est très loin d'être ce qu'il avait imaginé.

Deux grandes brutes épaisses harcèlent sans merci un jeune garçon studieux dans cette adaptation d'une nouvelle de Roald Dahl pour adolescents et jeunes adultes.

Dans un futur lointain, les univers parallèles existent. Yulaw, un agent de la Multiverse, le sait pour y être souvent intervenu lors de ses missions. C'est ainsi qu'il a appris que nos doubles vivants dans chacun de ces mondes sont liés entre eux par un flux, et que lorsqu'un d'eux disparaît, son énergie est redistribuée aux autres. Depuis, Yulaw ambitionne d'éliminer ses doubles pour récolter leur puissance et ainsi devenir l'être absolu. Les agents Roedecker et Funsch reçoivent alors l'ordre de neutraliser Yulaw.Gabe, lui, est un policier qui mène une vie sans histoires. Mais ça ne va pas durer : il est le dernier double, l'ultime obstacle sur la route de Yulaw. Une folle course-poursuite commence entre les quatre hommes.

Jeune médecin écossais tout juste diplômé, Nicholas Garrigan débarque en Ouganda en quête d'aventure et décidé à venir en aide à la population. Peu après son arrivée, il est appelé sur les lieux d'un accident: le nouveau leader du pays, Idi Amin Dada, a percuté une vache avec sa Citroën DS. La façon dont Garrigan maîtrise la situation, son calme et sa franchise surprennent Amin Dada. Fasciné par l'Histoire et la culture écossaise, il trouve le jeune homme sympathique et lui propose de devenir son médecin personnel. Séduit par le charisme du chef de l'État, le jeune médecin rejoint le cercle présidentiel au sein duquel il mène grand train. Bombardé confident du dictateur, piégé au cœur de la mégalomanie meurtrière d'Amin Dada, Garrigan, témoin d'enlèvements et d'assassinats, devient malgré lui peu à peu complice d'un des plus terrifiants régimes africains du XXème siècle.

Un gardien se retrouve bloqué à l'intérieur du parc d'attractions qu'il surveille, durant toute une nuit, lors de laquelle les monstres prennent alors vie et se lancent à sa poursuite. L'homme doit les vaincre afin de survivre jusqu’au petit matin et être enfin libéré.

Steve Z., le chef de l'équipe océanographique « Team Zissou », sait que l'expédition qu'il conduit est sans doute la dernière, et son plus cher désir est de graver son nom dans l'Histoire. Parmi les membres de son équipe figurent Ned Plimpton, qui est peut-être ou peut-être pas son fils, Jane Winslett-Richardson, une journaliste enceinte dépêchée par le magazine Oceanographic Explorer, et sa femme Eleanor sa femme que l'on prétend être « le cerveau de la Team Zissou ». Tandis qu'ils affrontent tous les dangers, depuis une mutinerie jusqu'à une attaque de pirates en passant par un « requin jaguar » plus ou moins imaginaire, Zissou est bien forcé d'admettre que tout ne peut pas être planifié comme il l'aimerait...