Une ancienne légende dit que le soleil deviendra rouge et qu'un monstre du ciel viendra détruire la Terre avant d'être arrêté par deux monstres terrestres. Peu de temps après la découverte d'une grotte dédiée à une divinité ancienne, un robot ressemblant à Godzilla et envoyé par des extraterrestres apparaît et commence à tout détruire...

Des extraterrestres, venus d'un système nébulaire détruit, planifient l'invasion de la planète Terre en prenant comme couverture un parc d'attraction pour enfants. En réalité, la tour Godzilla qu'ils ont construit leur sert à contrôler Gigan et King Ghidorah qui détruisent tout sur leur chemin. Godzilla et son ami Anguirus tentent d'arrêter les deux monstres de l’espace.

Devant l'accroissement de la pollution des mers, le roi de Seatopia décide de prendre des mesures : envahir le monde de la surface en envoyant le monstre Megalon. Pour aider Megalon, des agents sont envoyés dérober un robot qui servira de guide d'attaque au monstre : Jet Jaguar. Megalon détruisant tout sur son passage, on décide d'appeler Godzilla à l'aide pour vaincre le monstre...

Les aliens de la troisième planète du Trou noir récupèrent la carcasse de MechaGodzilla dans le but de le lancer une nouvelle fois contre Godzilla, le protecteur de la Terre. Le robot malfaisant sera aidé par le Titanosaurus, un dinosaure contrôlé par des scientifiques.

Version japonaise.Tako, directeur de la publicité de Pacific Pharmaceuticals, est frustré par les faibles cotes d'écoute de leur programme télévisé sponsorisé. Cherchant une approche plus sensationnaliste, il ordonne à son personnel de se rendre sur l'île de Faro, capturant Kong pour l'utiliser comme un outil de marketing. Alors que Godzilla réémerge, une frénésie médiatique se produit avec Tako qui cherche à capitaliser sur le match de lutte ultime.

Ichiro, un jeune Japonais solitaire, dont ses parents travaillent beaucoup, est d'habitude seul à la maison avec son ami, un inventeur local, qui lui sert de baby-sitter. Dans ses rêves, il visite l'archipel d'Ogasawara, où il joue et explore l'île avec Minilla, qui est attaqué par le monstre Gabara. Cependant, quand il n'est pas endormi, Ichiro se ballade dans une usine abandonnée dans laquelle il rencontre deux braqueurs de banque qui le capturent. En utilisant les leçons que Minilla et Godzilla lui ont apprises, Ichiro échappe aux voleurs et aide la police à les capturer, il obtient ensuite la victoire sur ses assaillants, leurs montrant qu'il ne prendra plus leurs coups désormais.

A l'aube de la trentaine, Diane De Monx travaille pour une multinationale, le groupe d'Henri-Pierre Volf, qui a racheté TokyoAnime, une société japonaise produisant des hentaï, mangas pornographiques en 3D. Deux firmes, Mangatronics et Demonlover, s'affrontent pour avoir l'exclusivité de ces nouvelles images, fort lucratives, sur Internet. Mangatronics recrute alors Diane pour torpiller de l'intérieur les intérêts de Demonlover, qui a infiltré ses propres espions. Menacée, celle-ci n'a plus qu'à basculer dans la cyber réalité.

La version américaine modifiée de Godzilla Raids Again. Initialement prévu pour être connu sous le nom de "The Volcano Monsters", le film est finalement sorti sous le nom de "Gigantis".

Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidrah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.

Un génie du mal nommé le Dr Who - Dr.Huu dans la version japonaise - a créé le robot Kong (parfois dénommé Mechani-Kong dans la version japonaise) pour creuser à la recherche d'un élément hautement radioactif appelé "Elément X". Quand il échoue, il séquestre le vrai King Kong pour faire le travail à sa place. Peu après les deux monstres s’affrontent en plein Japon...

Une jeune institutrice, en route pour occuper un emploi dans un pensionnat pour jeunes filles, est abandonnée dans un village par son cocher. À l’auberge où elle se réfugie, elle ne tient pas compte des avertissements des propriétaires du lieu et accepte l’offre de la baronne Meinster de passer la nuit dans son château...

Dans une Amérique dictatoriale et décadente, soumise au culte de la violence, une grande course automobile organisée chaque année sert de nouveaux jeux du cirque pour une population abreuvée de discours présidentiels lénifiants. En cette année 2000, la cinquième édition de la « Transcontinental Road Race » oppose une nouvelle fois Frankenstein, héros national et créature du régime, à de redoutables pilotes, dont son principal opposant Machine Gun Joe Viterbo. La course n’obéit à quasiment aucune règle, sinon celle de s’entre‐tuer en marquant le plus de points possibles, dont le comptage dépend du nombre et du type de passants écrasés. Pendant ce temps, une résistance s’affaire à saboter la course afin de mettre un terme au régime politique en place.

Deux astronautes partent en mission d'exploration sur une planète orbitant autour de Jupiter et récemment découverte. Arrivés sur place, ils rencontrent les habitants, les Ixiens, qui sont assiégés et contraints de vivre sous terre à cause de King Ghidorah. Les Ixiens proposent un marché aux Terriens : si ceux-ci acceptent de leur prêter Godzilla et Rodan pour tuer King Ghidorah, ils offriront à la Terre un vaccin capable de guérir toutes les maladies.

Un an après la défaite de Godzilla aux mains de MechaGodzilla, le Japon répare Kiryu (le nom donné à Mechagodzilla) et s'apprête à reconstruire la ville détruite. Le grand-père d'un des hommes de maintenance du robot est visité par les shojibin, les petites jumelles qui parlent au nom de Mothra, de vieilles connaissances puisqu'il les a rencontrées il y a 43 ans. Elles rappellent que Kiryu est bâti sur le squelette du Godzilla original et que ses os devraient reposer en paix. Si les autorités s'entêtent à utiliser le robot, Mothra ne viendra pas les aider si Godzilla refait surface et pourrait même devenir ennemie de l'humanité.

Quand Biollante meurt, son corps dérive dans l'espace et tombe sur une planête où un lézard mange ses restes. Mais ce lézard trouvera sur Biollante le sang que Godzilla a perdu lors de leur combat. Le lézard boit le sang et subit des radiations qui le transforme en un nouveau Godzilla. "Space Godzilla" se dirige vers la terre, et détruit Tokyo. Alors que Godzilla comptait détruire Tokyo, il trouve Space Godzilla. Un combat de titan s'engage entre les deux monstres, que Godzilla remportera. On suppose que Space Godzilla est mort.

Des scientifiques mènent des expériences climatiques sur l'île de Solgell, ce qui a pour effet de déclencher une tempête et de transformer les mantes locales en monstres géants : les Kamacuras. Alors que celles-ci découvrent un œuf géant et s'apprêtent à tuer le bébé, Godzilla arrive et lui sauve la vie avant d'entreprendre son éducation...

Au lendemain de la venue du premier Godzilla en 1954, le gouvernement japonais met en place une force spécialisée dans la destruction des monstres. Très efficace, celle-ci résiste à bien des envahisseurs, mais pas à la venue de Godzilla en 1999. Le gouvernement japonais ne s'avoue pas vaincu et décide de créer un bio-robot à partir du mélange de la technologie de pointe et de l'ADN prélevé sur les restes du tout premier Godzilla. Akane Yashiro est nommée pilote.

À la fin du XXe siècle, les monstres sont parqués sur l’île d’Ogasawara. Ils sont retenus sur l’île par des moyens prodigieux. Mais un jour, les barrières se dissipent et les monstres s’évadent. L’équipe du SY-3 est chargée d’enquêter. Ils se retrouvent face aux Kilaaks, des extraterrestres, auteurs du dysfonctionnement. Ils prévoient d’utiliser les monstres de l’île pour prendre le contrôle de la planète. Les monstres attaquent les capitales des plus grands pays simultanément. Un seul moyen de les arrêter, couper la liaison mentale entre les monstres et les Kilaaks.

L'armée tente encore et toujours de tuer Godzilla, tandis que le Pr Shinoda suit le monstre à la trace pour tenter de percer le secret de son invulnérabilité. Un étrange météore est retrouvé au fond de l'eau et remonté. Le météore ne tarde pas à dévoiler sa vraie nature : un OVNI dont l'occupant s'intéresse de très près au pouvoir régénérateur de Godzilla...

Le poste avancé de Fort Casey subit une attaque arachnide. Une escouade du vaisseau Alesia est envoyée sur place pour rapatrier le SkyMarshall John A. Warden ainsi que les survivants.