Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.

Version japonaise.Tako, directeur de la publicité de Pacific Pharmaceuticals, est frustré par les faibles cotes d'écoute de leur programme télévisé sponsorisé. Cherchant une approche plus sensationnaliste, il ordonne à son personnel de se rendre sur l'île de Faro, capturant Kong pour l'utiliser comme un outil de marketing. Alors que Godzilla réémerge, une frénésie médiatique se produit avec Tako qui cherche à capitaliser sur le match de lutte ultime.

Dans la ville minière de Kitamatsu, les ouvriers craignent pour leurs vies. Le puits est devenu trop profond, causant inondation et éboulements dans les boyaux d'extraction. Deux mineurs disparaissent alors dans les sous-sols, puis les policiers partis à leur secours sont retrouvés mutilés. La nuit, Shigeru et Kyo, deux proches de l'un des disparus, sont attaqués par un monstre provenant de la mine...

Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance. Parallèlement, les pêcheurs de la baie de Yokohama ramènent un œuf géant et mystérieux qui est aussitôt acheté par Toharata, un homme d'affaires véreux. Malgré les recommandations du professeur Miura, inquiets de ce qui se cache dans l'œuf, Toharata décide d'en faire une attraction particulièrement lucrative pour les touristes et les curieux. À leur grande stupéfaction, de petites fées apparaissent pour reprendre l'œuf aux humains. Les « Aelinas », comme elles se nomment, sont décidés à récupérer ce qui appartient à leur déesse, la phalène géante Mothra.

Figurante sans travail, la blonde Ann Darrow est engagée par le réalisateur Carl Denham pour être la vedette de son prochain film. Le Venture, le navire commandé par le capitaine Englehorn et qui comprend toute l'équipe, atteint Skull Island, une île mystérieuse où vivrait une créature légendaire vénérée par les indigènes et appelée King Kong.Durant le voyage, Ann tombe amoureuse de John Driscoll, le second du bateau. Une fois débarqués, les explorateurs sont aussitôt repérés par les indigènes et font marche arrière. Mais ces derniers enlèvent Ann, la "femme aux cheveux d'or", et l'attachent pour l'offrir en sacrifice à King Kong.Au moment où ses compagnons arrivent pour la délivrer, un singe gigantesque saisit la jeune fille et disparaît dans la forêt. Denham et ses hommes se lancent alors à la poursuite de King Kong.

Les survivants d'une épave se trouvent sur une île vraisemblablement inhabitée et irradiée. Une expédition conjointe de scientifiques roliscains et japonais explore l'île et découvre une population indigène et les minuscules Shobijin, deux prêtresses jumelles de la divinité de l'île, Mothra. Un Homme d'affaires, Clark Nelson kidnappe les fées, cherchant à les exploiter à des fins lucratives, ce qui oblige Mothra à se déchaîner pour les sauver.

Il s'agit d'un remontage du premier Godzilla pour le marché américain. Ce second montage minimise l’implication des essais nucléaires américains dans la création du monstre Des bateaux disparaissent mystérieusement sur les côtes du Japon. Steve Martin, un reporter américain, décide d'enquêter sur l’affaire. Au même moment, les insulaires de la petite île Odo redoutent la colère de Godzilla, un monstre marin vénéré depuis des temps immémoriaux. Leur village est complètement détruit. Le professeur Yamane découvre des traces de radioactivité dans le sol et en conclut que le monstre a été irradié par l'arme atomique...

Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidrah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.

Les aliens de la troisième planète du Trou noir récupèrent la carcasse de MechaGodzilla dans le but de le lancer une nouvelle fois contre Godzilla, le protecteur de la Terre. Le robot malfaisant sera aidé par le Titanosaurus, un dinosaure contrôlé par des scientifiques.

Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée près du corps de sa fille, et dans laquelle l'âme de cette dernière s'est, pense-t-il, réincarnée. Cinq ans plus tard, le professeur est recontacté pour créer une arme bactériologique à partir des cellules de Godzilla, car ce dernier est en train de se réveiller. Mais le professeur Shiragami mélange en fait les cellules du monstre avec celles de la fameuse rose qui est en train de mourir. Cela va donner naissance à Biollante.

Une tempête effroyable se déchaîne sur le Pacifique, engloutissant un pétrolier tandis qu'un immense éclair illumine le ciel au-dessus de la Polynésie française. Des empreintes géantes creusent un inquiétant sillon à travers des milliers de kilomètres de forêts et de plages au Panama. Les navires chavirent au large des côtes américaines et ces horribles phénomènes s'approchent de plus en plus près de New York. Le chercheur Nick Tatopoulos est arraché à ses recherches afin d'aider les États-Unis à traquer le monstre qui est à l'origine de ces désastres mystérieux.

L'an 1600. Le Japon sort de plusieurs décennies de guerre civile. Takezo, jeune soldat en déroute, est un combattant féroce. Poursuivi par les autorités, il est recueilli et éduqué de force par un moine bouddhiste, Takuan Soho. Il deviendra un véritable samouraï sous le nom de Miyamoto Musashi...

Kyoto, au XVIIe siècle. Ishun est un grand parcheminier qui vit avec sa seconde épouse, Osan, plus jeune. Cette dernière ne l'a épousé que pour sauver sa famille du déshonneur. Amoureuse du secrétaire de son mari, qui doit fuir après avoir commis une escroquerie, elle le rejoint. Tous deux s'unissent pour tenter d'échapper à leur destin tragique : la crucifixion qui châtie l'adultère.

Harold fête son anniversaire chez Michael. Ses amis lui ont réservé un présent peu commun : un beau jeune homme. La soirée se déroule bien mais se dégrade sous l'effet de l'alcool. Chacun laisse alors éclater ses rancœurs.

Bambi broute l'herbe, ignorant la prochaine rencontre avec Godzilla. Qui gagnera quand ils se rencontreront enfin ?

D'étranges visiteurs puissants et soi-disant pacifiques, les Mysterians, récemment débarqués sur la Terre, demandent au gouvernement de leur fournir quelques jolies jeunes femmes afin de perpétuer leur race en voie d'extinction.

Un vampire remarque une jeune fille qui ressemble étrangement à son ancienne fiancée. Il pense qu'il s'agit en fait de la réincarnation de cette dernière...

Les survivants d'un crash d'avion sont attaqués par une créature alien qui transforme ses victimes en vampires assoiffés de sang.

Un navire est attaqué par une pieuvre géante, puis sauvé par un monstre vert et gigantesque, qui pourtant, ne tardera pas à dévorer les survivants, avant de fondre sur Tokyo. Le Docteur Stewart, un Américain, reconnaît là une espèce de monstre dont il sait qu'un autre spécimen est aussi en vie.

Sur l'île de l'obélisque, un séisme fait s'écrouler une immense statue, ce qui révèle une grande caverne. Alors que les scientifiques l’explorent, ils découvrent un bébé reptile à l'intérieur. La créature est rapatriée au Japon où elle subit des tests divers. C’est alors que les parents du reptile capturé commencent à attaquer le Japon à la recherche de leur enfant.