Batou est un cyborg vivant. Son corps entier a été fabriqué par l'homme. Seules lui restent des bribes de son cerveau et le souvenir d'une femme. Dans un monde où la frontière entre humains et machines est devenue infiniment vague, les Humains ont oublié qu'ils sont humains. Voici la débauche du "fantôme" d'un homme solitaire qui néanmoins cherche à conserver son humanité.

L'histoire se déroule dans un monde futuriste cyberpunk et nous fait suivre les aventures de Motoko Kusanagi, dite « major », et Batou, deux cyborgs appartenant à une unité spéciale du gouvernement (la section 9, anti-terroriste) qui essaient de capturer le pirate informatique le plus dangereux et insaisissable au monde, connu seulement sous le pseudonyme de Puppet master (« le marionnettiste »). Cette traque se fait sur un fond de guerre des services avec la section 6, qui s'intéresse elle aussi au Puppet master dans le cadre d'un projet mystérieux, le « projet 2501 ».

Tetsuo, un adolescent ayant vécu une enfance difficile, est la victime d'expériences visant à développer les capacités psychiques qui dorment en chacun de nous. Ainsi doté d'une puissance que lui-même ne peut imaginer, Tetsuo décide de partir en guerre contre le monde qui l'a opprimé. Dès lors, Il se retrouve au cœur d'une légende populaire qui annonce le retour prochain d'Akira, un enfant aux pouvoirs extra-ordinaires censé délivrer Tokyo du chaos...

Dans un futur proche, le Major est unique en son genre : humaine sauvée d’un terrible accident, son corps aux capacités cybernétiques lui permet de lutter contre les plus dangereux criminels. Face à une menace d’un nouveau genre qui permet de pirater et de contrôler les esprits, le Major est la seule à pouvoir la combattre. Alors qu’elle s’apprête à affronter ce nouvel ennemi, elle découvre qu’on lui a menti : sa vie n’a pas été sauvée, on la lui a volée. Rien ne l’arrêtera pour comprendre son passé, trouver les responsables et les empêcher de recommencer avec d’autres.

Sur la planète Mars, en 2071, un camion-citerne explose dans le cratère d'Alba City. Aux dizaines de victimes tuées par l'explosion s'ajoutent des centaines de personnes qui succombent à une mystérieuse maladie. Les autorités soupçonnent une attaque biologique terroriste et offrent une énorme récompense pour la capture des responsables.Sans un sou en poche, les chasseurs de prime du Bebop voient là l'occasion de se renflouer et entament leur enquête. Une ombre entraperçue, une capsule de poison, un consortium pharmaceutique, un tatouage, un suspect mort depuis longtemps et une unité militaire spéciale, telles sont les pièces du puzzle qu'il leur faudra rassembler pour espérer percer le secret...

En 2131, les bioroïds - clones créées pour réfréner les passions humaines - vivent en harmonie avec leurs créateurs dans la belle cité d'Olympus. A l'aube d'une nouvelle menace, le commandant Deunan est mandaté pour empêcher un génocide bioroïd. Mais cette guerrière d'élite se révèle être la pièce maîtresse d'un puzzle dont elle ignore encore les règles et les conséquences : la survie des deux espèces.

Mars 2029. Dans un monde en phase de cybernétisation accélérée, les Etats souverains sont désormais dépassés par les flux d'informations et affaiblis par l'émergence de nombreux groupuscules se livrant une lutte de pouvoir effrénée. Le Premier Ministre du Japon est alors brutalement assassiné. Motoko Kusanagi, une cyborg d'élite à la tête de la Section 9, est chargée de découvrir la vérité. Une enquête très dangereuse sur les traces d'un cyber-virus d'une ampleur sans précédent l'emmènera à questionner ses origines ainsi que le rôle grandissant de la technologie dans un monde encore vulnérable..

Il y a quelques années, un pirate informatique surnommé « le rieur » avait kidnappé pendant deux jours un industriel fabricant des micromachines dans le domaine médical. Le criminel était apparu sur une chaîne de télévision affublé d’un smiley naïf à la place du visage. Depuis, on lui prête l’orchestration d’un vaste racket auprès de différentes sociétés de micromachines. 6 ans plus tard, le rieur refait son apparition et pirate le cerveau d’un préfet de police. Il dit vouloir ouvrir les yeux du monde sur un vaste complot médico-politico-militaire. C’est alors que la Section 9 est confrontée à nombreux actes terroristes commis par des individus se réclamant tous être « le rieur ». Mais qui sont ces copies ? Qui est l’original ? Certains groupuscules ne se serviraient-ils pas du rieur pour œuvrer à leurs fins ? Motoko et son équipe doivent démêler cet écheveau qui ira jusqu’à mettre en péril la vie de plusieurs membres de la cyber-police.

Trois femmes, ferventes adeptes du taoïsme, sont trompées par le démon Wu-Tung pour suivre leurs désirs sexuels.

Shizuku est une jeune collégienne de quatorze ans comme toutes les autres, mais elle est passionnée de littérature et elle écrit des chansons. C’est l’été à Tokyo, et elle a décidé de lire, pendant les vacances, une vingtaine de livres. Elle découvre qu’à chacun des romans qu’elle a choisis, le nom de Seiji Amasawa apparaît sur la liste des personnes les ayant empruntés. Shizuku rencontre enfin ce Seiji.

Midland : un royaume pris, depuis un siècle, dans l'étau d'une guerre sans merci. Sur les champs de bataille, Guts, un jeune mercenaire, lutte pour survivre au quotidien. Malgré son jeune âge, il se bat avec la rage d'un chien fou, déploie une effroyable dextérité et traîne derrière lui une épée au gabarit impressionnant. Alors qu'il sort d'une énième bataille, il est pris à parti par une bande de mercenaires qui s'imaginent pourvoir le détrousser. Le choc est rude, et leur chef est obligé d’intervenir pour éviter que ses lieutenants ne se fassent massacrer en quelques instants. Après ce combat singulier, Guts se retrouve embrigadé et découvre qu'il a affaire à la Troupe des Faucons, des mercenaires aguerris dirigés par Griffith, un jeune homme charismatique et mystérieux, qui semble promis à une ascension fulgurante...

Dans le futur, un nouveau traitement psychothérapeutique nommé PT a été inventé. Grâce à une machine, le DC Mini, il est possible de rentrer dans les rêves des patients, et de les enregistrer afin de sonder les tréfonds de la pensée et de l'inconscient. Alors que le processus est toujours dans sa phase de test, l'un des prototypes du DC Mini est volé, créant un vent de panique au sein des scientifiques ayant développé cette petite révolution. Dans de mauvaises mains, une telle invention pourrait effectivement avoir des résultats dévastateurs. Le Dr. Atsuko Chiba, collègue de l'inventeur du DC Mini, le Dr. Tokita, décide, sous l'apparence de sa délurée alter-ego Paprika, de s'aventurer dans le monde des rêves pour découvrir qui s'est emparé du DC Mini et pour quelle raison. Elle découvre que l'assistant du Dr. Tokita, Himuro, a disparu…

En 1600, un jeune noble anglais, Orlando, devient le favori d'Elisabeth 1er. Sur son lit de mort, elle l'implore de rester toujours jeune. Orlando traverse les époques, changeant de sexe, sans jamais vieillir.

Le sénateur Carroll, candidat démocrate aux élections présidentielles américaines, a été assassiné en 1971, lors d'une conférence de presse-buffet, par l'un des serveurs. Une commission d'enquête ne retient pas l'hypothèse d'une quelconque conspiration et conclut qu'il s'agit d'un acte isolé commis par un déséquilibré. Au cours des trois années qui suivent, la plupart des personnes qui ont assisté à cet événement meurent les unes après les autres à la suite de divers accidents. La journaliste Lee Carter, elle aussi témoin du meurtre de 1971, pense que ces « accidents » sont en réalité des assassinats déguisés : elle fait part de ses craintes à son collègue et ami Joe Frady, mais ne réussit pas vraiment à le convaincre. Cependant, quand Lee est victime à son tour d'un « accident » fatal, Joe Frady, persuadé désormais que la jeune femme ne se trompait pas, décide, sans l'accord de son rédacteur en chef, de mener une enquête approfondie...

Quatre ans après la mort de Shogo Makishima et la disparition de Shinya Kogami, le gouvernement japonais commence à exporter la technologie du « Système Sibylle » vers d'autres pays, la déployant dans le monde entier. Un état au milieu d'une guerre civile, SEAUn (the South East Asia Union, prononcé « Shian »), apporte le système Sibylle comme une expérience, et la ville côtière de Shambala Float atteint une paix et une sécurité temporaire. C’est alors que des terroristes de SEAUn apparaissent au Japon, se glissant à travers le système Sibylle et l'attaquant de l'intérieur, menant Akane Tsunemori et son équipe à Shambala Float (basé au Cambodge) pour enquêter.

Abandonnés après une énième guerre mondiale, deux mercenaires - Deunan et son partenaire cyborg, Briareos - sont envoyés en mission aux abords d’une ville ravagée par les combats. Pendant l’opération, ils croisent le chemin d’Iris et Olson, deux citoyens de la ville utopique d’Olympe qui ont peut être un plan pour sauver le monde, mais l’impitoyable Thalos et le seigneur de guerre Two Horns ont leur propre idée derrière la tête. C’est à Deunann et Briareos qu’il incombera de protéger leurs nouveaux amis et sauver le dernier espoir de l’humanité.

Chiyoko Fujiwara est une ancienne gloire du cinéma japonais. Aujourd'hui, âgée de 70 ans, elle vit recluse chez elle. Un jour, un homme vient lui rendre visite pour l'interviewer sur son passé. Il lui remet une clé, que Chiyoko avait perdu voilà 30 ans. Devant le journaliste et son caméraman elle se met à raconter son histoire. Une vie pleine d'amour et de passion, passée à rechercher un étrange inconnu, celui-là même qui lui a un jour remis cette clé en lui faisant la promesse de se revoir…

L'histoire prend place dans un Japon totalitaire, juste après une Seconde Guerre mondiale où l'Allemagne nazie aurait envahi l'archipel, qui aurait poursuivi une dérive fascisante post-nazie. La POSEM (POlice de SEcurité Metropolitaine), dont les panzers, une brigade d'élite de répression lourdement armée, aux équipements et au casques rappelant les soldats de la Wehrmacht, tente d'étouffer un début de guerre civile menée par un groupe terroriste. Lors d'une émeute, le lieutenant Kazuki Fuse, une jeune recrue de cette brigade, va être confronté à une très jeune terroriste, « un petit Chaperon Rouge », transportant une bombe dans les égouts.

Chanteuse pop très populaire, Mima décide d’abandonner la scène pour devenir actrice. Sans regrets, elle quitte son groupe et accepte un petit rôle dans une série TV, déclenchant ainsi la colère de ses fans… et plus particulièrement celle de l’un deux. Le mystérieux « traqueur » passe à l’acte en dévoilant en détail la vie de Mima sur Internet, puis en menaçant ses proches. Des incidents violents se produisent et elle réalise que son existence se confond dangereusement avec la série dans laquelle elle joue. Mima sombre dans la schizophrénie tandis que les cadavres s’accumulent autour d’elle…

Une petite fille fait un rêve éveillé. Perdue dans un monde dévasté par un événement inconnu, elle se rattache à un œuf qu'elle a trouvé dans une ruine. Projetant sur l'œuf toute sa fibre maternelle, elle lui apporte son affection et sa protection. Jusqu'au jour où un jeune homme ressemblant à un chevalier croise son chemin. Effrayée, elle prend la fuite, mais ne parvient pas à se séparer de cet inconnu bien intrigué par l'œuf…