Midland : un royaume pris, depuis un siècle, dans l'étau d'une guerre sans merci. Sur les champs de bataille, Guts, un jeune mercenaire, lutte pour survivre au quotidien. Malgré son jeune âge, il se bat avec la rage d'un chien fou, déploie une effroyable dextérité et traîne derrière lui une épée au gabarit impressionnant. Alors qu'il sort d'une énième bataille, il est pris à parti par une bande de mercenaires qui s'imaginent pourvoir le détrousser. Le choc est rude, et leur chef est obligé d’intervenir pour éviter que ses lieutenants ne se fassent massacrer en quelques instants. Après ce combat singulier, Guts se retrouve embrigadé et découvre qu'il a affaire à la Troupe des Faucons, des mercenaires aguerris dirigés par Griffith, un jeune homme charismatique et mystérieux, qui semble promis à une ascension fulgurante...

Le banquet est arrivé. La grande nuit du Banquet, qui ne vient qu'une fois tous les 216 ans. Dans l'ombre de l'éclipse, quatre anges se rassemblent, sous les yeux horrifiés de Guts et des hommes de la Troupe du Faucon, transportés aux confins des dimensions. Les mots terrifiants de Void résonnent sans fin dans l'esprit vacillant de Griffith. « Tu as été choisi par la causalité. Tu as été choisi par la Main de Dieu, en ce lieu, et en ce temps. As-tu peur de ton futur ? Regarde : les ailes du Faucon sont venues à ton secours. Ils sont ce qui te reste, à la fin de ton itinéraire sanglant. Vas-tu poursuivre ton chemin, ou te laisser enterrer par les ruines de ton rêve ? »

Doldrey : une forteresse imprenable, aux mains des Chuder. Située aux confins de Midland, auquel elle appartenait autrefois, elle est gardée par les unités d’élite de la cavalerie du légendaire général Boscogn. Rien ni personne ne semble en mesure de la faire vaciller. Pourtant, sa chute mettrait un terme à la Guerre des Cent Ans. Alors que les armées de Midland ont échoué maintes et maintes fois dans sa reconquête, Griffith propose au Roi de laisser la Troupe du Faucon prendre la tête du prochain assaut contre la forteresse. Il s’apprête ainsi à lancer 5 000 Faucons contre 30 000 Chuder. L’ambition dévorante de Griffith ne semble connaître aucune limite. À ses côtés, ses fidèles lieutenants, Guts et Casca. Parviendront-ils à faire plier le destin ?

Pendant que Rena et Maki se remettent de leurs blessures, les autres membres du SORD s'envolent à l'étranger pour un voyage scolaire. Quelques instants après leur arrivée, cependant, le gang Mihama est entraîné dans une chasse à l'homme pour un déserteur du SORD, assisté par l'étudiante Sylvia et Velvet de l'école internationale de St. Aile. Tohka est la star de la série cette fois-ci, mais elle est aux prises avec ses propres problèmes : de vieux souvenirs de ses parents et une promesse faite à un ami qu'elle n'a pas pu tenir…

Alors que la guerre fait rage entre la Fédération Terrienne et le Duché de Zéon, deux hommes, Io Flemming et Daryl Lorenz, se font face au sein du secteur Thunderbolt. Ce secteur, où se trouvait autrefois une colonie spatiale, est désormais réputé pour être extrêmement dangereux en raison de l’âpreté des combats qui s'y déroulent, mais aussi des débris qui jonchent la zone.

Après les incidents impliquant Heath Oslo, l'existence de l'organisation anti-terroriste américano-japonaise, connu sous le nom de CIRS, est maintenant connue du public. Le CIRS a été reconstruit à partir de zéro et ses fonctions les plus dissimulées ont été transférées dans une nouvelle agence : SORD (Social Ops, Research & Development). Le but principal de SORD est d'entraîner une nouvelle génération d'espions pour défendre le pays des menaces futures. Pour parvenir à ses fins, l'organisation a fait construire de nombreuses écoles dans le pays. L'académie Mihama, laissée à l'abandon après sa fermeture soudaine, est devenue une école de formation spécialisée. Ainsi, cette nouvelle académie Mihama abrite différents groupes d'étudiants qui, chaque jour, travaillent durement pour améliorer leurs compétences. Ces étudiants mettent leur propre sécurité en danger en se plongeant dans diverses missions extrajudiciaire, le tout pour le bien du pays.

Après les incidents impliquant Heath Oslo, l'existence de l'organisation anti-terroriste américano-japonaise, connu sous le nom de CIRS, est maintenant connue du public. Le CIRS a été reconstruit à partir de zéro et ses fonctions les plus dissimulées ont été transférées dans une nouvelle agence : SORD (Social Ops, Research & Development). Le but principal de SORD est d'entraîner une nouvelle génération d'espions pour défendre le pays des menaces futures. Pour parvenir à ses fins, l'organisation a fait construire de nombreuses écoles dans le pays. L'académie Mihama, laissée à l'abandon après sa fermeture soudaine, est devenue une école de formation spécialisée. Ainsi, cette nouvelle académie Mihama abrite différents groupes d'étudiants qui, chaque jour, travaillent durement pour améliorer leurs compétences. Ces étudiants mettent leur propre sécurité en danger en se plongeant dans diverses missions extrajudiciaire, le tout pour le bien du pays.

Sur la Terre, huit mois après la fin de la Guerre d'Un An. Le capitaine Monica lance une mission secrète, l'Opération Thunderbolt, et choisit Io pour piloter l'Atlas Gundam. Elle mène l'assaut à bord du vaisseau Spartan dans une partie de l'océan sous le contrôle de l'Alliance des Mers du Sud. Leur objectif est de sécuriser ou détruire les données du Psycho Zaku détenu par l'Alliance. Daryl, qui a pris l'ascendant dans son combat contre Io, est descendu sur Terre parmi les survivants des forces de Zeon. Il a également reçu l'ordre de recueillir des informations sur le Psycho Zaku. En combattant aux côtés de ses nouveaux camarades, Io fait la rencontre de Peer, qui dirige la garnison frontalière de l'Alliance des Mers du Sud. Des vagues de l'océan jusqu'aux champs de glace, en passant par les profondeurs de la jungle, les Mobile Suits de Zeon, de la Fédération et de l'Alliance des Mers du Sud vont s'affronter sans relâche.