An 2307, les énergies fossiles ont été épuisées et l'humanité s'est tournée vers l'énergie solaire grâce à trois ascenseurs orbitaux de 50 000 km permettant de transmettre l'énergie solaire à trois grands blocs nationaux : l'AEU, la LRH et l'Union. Malheureusement, l'énergie produite par ces ascenseurs ne profite pas à toutes les nations, ce qui attise des conflits et en fait perdurer d'autres. Une organisation répondant au nom de « Celestial Being » émerge et annonce qu'elle utilisera désormais ses Mobile Suits Gundam pour éradiquer tous les conflits.

A peine diplômé, Tsuchima commence sa première année en tant qu'enseignant dans un jardin d'enfants. Il essaiera de faire ses preuves vu que les hommes sont très peu représentés dans ce domaine. Pour convaincre les parents des enfants auxquels il va devoir s'occuper, il n'hésitera pas au passage à s'appuyer sur les épaules et le soutien de sa très belle collègue : Mlle Yamamoto, avec l'espoir de ce rapprocher d'elle. Cependant il devra surveiller la dynamique Anzu dont la présence, avec ses deux amis Hiiragi et Koume, comptera énormément pour attirer l'attention de Mlle Yamamoto.

Au comble de l’excitation, Yui Hirasawa, adolescente pétillante mais maladroite, s’apprête à faire son entrée en seconde. Sous l’impulsion de son amie d’enfance, Nodoka Manabe, elle rejoint le club de musique sur le point d’être dissous, faute de membres. Seule ombre au tableau : Yui ne sait jouer d’aucun instrument. La jeune fille amorce dès lors son apprentissage musical sous l’œil bienveillant de ses nouvelles camarades, Mio, Ritsu et Tsugumi. Un groupe d’un nouveau genre est sur le point de naître !

Dans un futur proche, une scientifique japonaise a élaboré un exosquelette de combat appelé « Infinite Stratos » (IS). Possédant une technologie et des capacités de combat beaucoup plus avancées que tout autre système d'arme, l’IS menace de déstabiliser le monde. Face à une arme aussi irrésistible, les nations du monde adoptent le « traité de l'Alaska », qui stipule que l’IS ne sera jamais utilisée pour le combat militaire et que la technologie existante IS doit être également répartie entre toutes les nations, pour éviter qu’une nation puisse dominer les autres. L'introduction de l'IS a cependant un effet majeur sur la société. Comme l’IS ne peut être exploitée que par des femmes, l'équilibre du pouvoir entre hommes et femmes est brisé, les femmes venant à dominer la société. Dix ans après que le premier IS eut été introduit, le monde est entré dans une nouvelle ère de paix. La paix est fragilisée, cependant, par une découverte inattendue. Un garçon japonais de 15 ans, nommé Ichika Orimura, se révèle être capable de faire fonctionner un IS. Réalisant son potentiel, Ichika est forcé par le gouvernement japonais d’entrer à la prestigieuse Académie Infinite Stratos, une académie internationale où sont formés les pilotes du monde entier. Ainsi commence sa vie scolaire entouré de filles.

Jeune lycéen désabusé, Hôtarô Oreki aspire à mener une vie paisible, loin du tumulte quotidien de son établissement. Sur demande de sa sœur aînée et nourrissant l’espoir d’y trouver un havre de paix, Hôtarô rejoint le club de littérature classique afin d’empêcher sa dissolution, faute de membres. C’est alors qu’il fait la connaissance d’Eru Chitanda, une jeune étudiante pleine d’entrain et d’énergie, dont la curiosité sans bornes l’amène à enquêter sur de multiples affaires.

Yuuichi, banal jeune homme de 17 ans, va faire ses études dans une petite ville où il était venu 7 ans plus tôt. A l'époque, il y passait ses vacances avec sa cousine Nayuki. Il ne garde néanmoins aucun souvenir précis de cette époque, que ça soit des rencontres qu'il y a fait ou des aventures qu'il y a vécu.  Un jour où il attend que Nayuki ai fini de faire ses courses, il se fait bousculer par une étrange fillette. Elle s'appelle Ayu et tous deux réalisent rapidement qu'ils étaient autrefois compagnons de jeu. Au fil de ses rencontres, Yuuichi va peu à peu retrouver la mémoire sur son passé vécu dans cette ville et découvrir des souvenirs parfois douloureux qu'il aurait certainement du oublier à jamais...  Adapté d'un eroge des mêmes auteurs que Air, Kanon 2006 est un remake d'un premier anime de 13 épisodes datant de 2002.

Haruhi Suzumiya est une fille plutôt étrange, elle n’a qu’un seul but dans la vie : rencontrer des personnes de type paranormal, que ce soit des aliens, des voyageurs du temps, des exilés de l’espace… L’étrange l’attire et elle n’aime pas trop se mêler aux gens normaux. Kyon, lui, est un jeune lycéen devenu terre à terre après avoir réalisé que tous ces phénomènes paranormaux n’existent pas. Ce dernier va se retrouver finalement dans la même classe que Haruhi et il deviendra très vite, malgré lui, son acolyte dans toutes ses fantaisies. Fort heureusement, Haruhi arrivera à embrigader d’autres personnes afin de créer une organisation aux objectifs bien étranges : la Brigade SOS.