Au début du XVIIIe siècle, Aoki Souzaemon, un Samouraï, recherche l'homme qui a tué son père. Mais le jeune homme est bientôt rongé par le doute : doit-on à tout prix se venger ? N'est-il pas préférable de mener une vie tranquille auprès de ceux qu'on aime ?

Un mystérieux incident a lieu dans un train au Japon. Au même moment, un local du FBI est détruit par une explosion. Les deux affaires semblent reliées par un virus informatique du nom de Wizard créé par Alessandro Carolina Madoka, une jeune femme dont les capacités ressemblent à celles d'Ataru. L'enquête japonaise menée par Hoshi Akiho, et dont fait notamment partie l'inspecteur Sawa, collabore alors avec une équipe du FBI dirigée par Larry Inoue. Celui-ci revient au Japon accompagné d'Ataru pour mettre la main sur Madoka. L'ancienne policière devenue détective privée Ebina Maiko tente également de se mêler de l'affaire. Si Madoka apparait au début comme la coupable idéale, des éléments troublants poussent les enquêteurs à suspecter de plus en plus Ataru.

Moon Child va suivre trois jeunes garçons orphelins vivant de leurs vols, mais ça tourne mal et les enfants, dont Sho, âgé de 8 ans, sont sauvés par Kei, un être immortel buveur de sang et venant de perdre son mentor. Malgré ses pouvoirs, Kei est limité par le Soleil qui le brûle et ne peut donc seulement vivre la nuit ou dans l'ombre. Des années plus tard, Sho et ce dernier sont devenus inséparables et vivent de divers pillages contre d'autres gangs. Au cours d'un coup qui a mal tourné, ils rencontrent Son qui finit par rejoindre leur bande et leur présente sa sœur Yi-Che dont ils tombent tous deux amoureux. Yi-che est devenue muette dans son enfance. Après une période insouciante, un drame va obliger Kei à quitter le groupe...

Au Japon, à la fin des années 1920, Masayuki Suzuki est un prisonnier qui s'échappe systématiquement de la prison dans laquelle il est incarcéré pour être sciemment repris et mis à nouveau en prison. Un de ses geôliers est très intrigué par ces évasions-incarcérations répétées et décide de percer le mystère entourant cet homme…