Après le retour d'Arata parmi le groupe, Fujio, Seiji, Shinya, Masaya, Madoka et Arata se retrouvent à nouveau tous les six pour déterrer leur capsule temporelle vieille de dix ans, contenant des lettres et les remplacer par des nouvelles pour le futur. À la suite de cela, le groupe devra faire face à une tragédie ainsi qu'à l'apparition d'un nouvel ennemi.

L'histoire raconte ce qui s'est passé au lycée Oya après le combat du film HiGH&LOW. Fujio et Tsukasa sont de nouveaux élèves, mais après que le grand-père de Fujio tombe malade, ce dernier doit déménager dans un autre lycée situer à la campagne, où vit son grand-père, pour s'occuper de lui. Pendant ce temps, à Oya, les nouveaux étudiants essaieront de prendre le contrôle.