Yukiko est en route pour rencontrer Boss Gunji. À en juger par son apparence, personne ne se douterait que cette belle jeune femme, tranquillement assise dans un train de banlieue, est la seule femme à pouvoir battre les meilleurs joueurs professionnels du Japon ; ou qu’elle porte le tatouage de l’homme qui l’a aimée et qui est mort pour elle…

Des pilleurs de tombes réveillent par erreur un terrible démon des ruines de Babylone. Ce dernier vole alors vers le Japon où il prend l´apparence d´un haut magistrat, multipliant les actes de vampirisation. Pour tenter d´arrêter le mal, la petite fille du fonctionnaire et un jeune paysan font appel à des Yokais, des fantômes pacifistes mais terrifiants.

Sakata protège un petit garçon tout en faisant face à des gangs rivaux.

Zatoichi se retrouve fortuitement invité à une cérémonie qui réunit tous les clans yakuzas de la région, sous l'égide de leur chef suprême, un cruel et démoniaque parrain, aveugle comme lui. D'abord accueilli comme un des leurs, le "parrain Zatoichi", porte-parole de valeurs morales très personnelles, devient vite un convive gênant. Craignant qu'il ne nuise au bon déroulement de la cérémonie qui doit élire son successeur, le roi de la pègre, surnommé aussi le "shogun de l'ombre", décide d'éliminer Zatoichi. Pour cela, il va utiliser la seule arme capable, d'après lui, de terrasser le bretteur hors pair : la séduction. Et, effectivement, Zatoichi va tomber éperdument amoureux de la femme chargée de le tuer...