Année 0088 du Siècle Universel. Ayant subi de lourds dégâts, le vaisseau de guerre Argama fait une halte sur la colonie Shangri-La pour réparations. Alors que le navire de l’AEUG est immobilisé, un jeune ferrailleur du nom de Judau Ashta s’introduit à bord. Son objectif : subtiliser le Zeta Gundam pour le revendre afin d’envoyer sa petite sœur dans une bonne école. Hélas, Judau est pris en flagrant délit et se retrouve forcé de rejoindre l’équipage malgré lui, et avec toute sa bande ! De plus, l’Argama est dans le collimateur d’un officier de Neo Zeon particulièrement zélé, Mashymer Cello. Afin de survivre et protéger sa sœur, Judau devra maîtriser au plus vite le nouveau Mobile Suit de l’Argama, le Double Zeta Gundam.

UC0087 : sept ans ont passé depuis la fin de la Guerre d'Un An. Rendu paranoïaque par les exactions des survivants des Forces de Zéon (voir Gundam 0083), le Gouvernement Fédéral a autorisé la création d'un corps d'armée spécial, les Titans, dont le rôle est de pourchasser ceux-ci, mais qui se comportent en véritables SS. C'est dans des conditions dramatiques que le jeune Camille Bidan va s'engager aux côtés de l'AEUG, groupe paramilitaire soutenu par des trust politico-économiques, pour lutter contre les Titans. Or, ce que tout le monde ignore encore, c'est que le conflit qui se dessine derrière ce qui fut tout d'abord une guerre froide, cache des enjeux bien plus complexes que quiconque peut l'imaginer. Alors qu'Amuro Rei, Bright Noah et les vétérans de la Guerre d'Un An doivent reprendre les armes, une nouvelle génération de jeunes gens va se consumer dans le brasier.