Le monde est tourmenté par Shocker, une mystérieuse organisation terroriste, qui recrute ses agents en kidnappant des personnes qu'ils transforment en mutants cyborgs. Takeshi Hongo, l'une des victimes, se rebelle juste avant la phase finale de sa transformation. A l'aide de ses nouveaux pouvoirs, il décide de combattre Shocker...

Kageyama Shigeo, élève de deuxième année au collège, n'a pas vraiment de bonnes notes en classe, n'est pas non plus bon en sport et n'a pas spécialement de copain. Amoureux de son amie d'enfance Tsubomi qui ne n'en aperçoit pas, Shigeo a quand même un atout insoupçonné dans sa poche : il dispose de puissants pouvoirs surnaturels. Il évite cependant de les utiliser mais l'apparition d'autres personnes avec des super-pouvoirs et de mauvaises intentions va le pousser à forcer sa nature.

Tous les Ultramen et les monstres ont été transformés en personnages connus sous le nom de Spark Dolls et se sont dispersés dans tout l'univers. Un jeune homme du nom de Hikaru Raidō trouve un objet appelé Ginga Spark qui lui permet non seulement de devenir Ultraman Ginga, mais lui permet également d'aller UltLive. Hikaru se bat avec ses amis pour découvrir ce qui se cache derrière les Spark Dolls. Alien Nackie laisse entendre que le porteur des ténèbres réside dans leur école très élémentaire.