Les membres du gang SWORD ont gagné contre les Wangan Rengogun, mené par Kohaku et le calme revient dans la ville. Cependant, les gangs les plus violents font leur apparition. Il s'agit cette fois des Doubt, mené par Hayashi Ranmaru et Prison Gang, mené par Jeshi. Leur but est simple et clair : occuper le territoire des SWORD.

Le nouveau film de Takashi Shimizu parle d'une mystérieuse cassette contenant une mélodie. Les gens qui entendent cette mélodie commencent progressivement à la fredonner eux-mêmes et se retrouvent impliqués dans un mystérieux incident. Quel est le mystère derrière cette mélodie ?

La fin de l'année approche. Les élèves d'Onizuka sont tous sous pression. Il y a ceux qui luttent pour être embauchés et ceux qui voient les examens arriver à grands pas. Onizuka se fait du souci à propos d'eux. Mais il a suivi chacun de ses élèves durant toute l'année en prenant son rôle de professeur principal très au sérieux. Il leur donnera alors l'ultime leçon, celle portant sur leurs rêves. Mais une inquiétante affaire d'admission illégale touche les élèves et leurs parents avec pour but de leur extorquer de l'argent. Avec l'aide de ses amis, Onizuka va enquêter sur cette affaire. D'un autre côté, un professeur d'université se servira de Kikuchi pour ses propres intérêts. À un mois de la fin de l'année, Onizuka se rend compte que ses élèves ont grandi et mûri. Mais le moment arrive pour ces derniers de partir et de dire "Au revoir" !

Le jour de Noël, Saejima sauve une mystérieuse femme nommée Maria d'un trio d'hommes. Peu de temps après, il surprend Onizuka en compagnie d'Urumi et du professeur Fuyutsuki. Saejima décide donc de passer la soirée de Noël seul dans un club. Là-bas, il retrouve par hasard Maria qui y travaille comme hôtesse, et tous deux décident de se marier. Le lendemain, il se rend chez elle. Sur place, le lieu est vide et il découvre que Maria est partie en lui confiant ses trois bébés. Afin de s'occuper de ceux-ci et de retrouver leur mère, Saejima va recourir à l'aide d'Onizuka qui se fera aider à son tour par ses élèves. En même temps, Miki apprend que son père souhaite se remarier. Bouleversée par cette nouvelle, elle se sent alors abandonnée à elle-même. Sans en avoir conscience, elle va se faire manipuler par Sanada, un professeur remplaçant qui malgré ses bons airs ne semble pas avoir de bonnes intentions.

À l'âge de 15 ans, Suzume Yosano doit quitter sa campagne natale pour s’installer chez son oncle à Tokyo après que son père a été muté au Bangladesh. Même si elle se montre férocement contre, Suzume se verra contrainte et forcée de venir habiter dans la capitale. À peine arrivée à Tokyo et des bagages plein les mains, Suzume se retrouve perdue dans la foule et peine à trouver son train. Elle se fera alors accoster par un jeune homme qui tentera de l'aider, mais Suzume, affolée, s'enfuit. Une fois arrivée à destination, elle décide de se détendre sur un banc quand, tout à coup, elle tombe d'épuisement. À son réveil, elle se retrouve allongée dans un lit, son oncle la regardant avec inquiétude et, derrière lui, le jeune inconnu ! Celui-ci, connaissant l'oncle de Suzume, l'a aidée lors de son malaise. Le lendemain, Suzume se rend pour la première fois dans sa nouvelle école et est surprise de retrouver, encore, le jeune inconnu : il est son professeur principal !

SWORD est toujours divisé en cinq gangs : L'Association Sannoh, les White Rascals, le Lycée Oya, Les Rude Boys et Daruma Ikka. Cependant, Mighty Warriors et Doubt prennent de l'ampleur, ce qu'ils doivent à un homme énigmatique et insaisissable nommé Lee. Alors que Kohaku trahit son passé et décide de mettre à genoux SWORD, les différentes bandes subissent des attaques simultanées. La Rue sans Nom des Rude Boys brûle, alors que les quatre autres groupes sont attaqués par des vandales et des membres de Mighty Warriors. Les gangs de SWORD se rendent au QG des Mighty Warriors, et mettent de côté leurs rivalités passées afin de se venger.