Chaque été, la compétition Selection Project est organisée à la télévision. Dans celle-ci, plusieurs adolescentes s'affrontent afin d'avoir la chance de devenir une idol. C'est le public qui vote et décide ainsi de laquelle des 9 participantes va gagner. Depuis qu'elle est petite, Suzune Miyama admire Akari Amazawa, une idol qui s'est fait connaître dans Selection Project. Elle a eu des soucis de santé et c'est grâce aux chansons de son idole qu'elle a réussie à garder son sourire lors des longues journées qu'elle passait à l'hôpital. Suzune veut désormais elle aussi donner du courage aux autres et elle décide de s'inscrire à la septième édition de Selection Project afin de réaliser son rêve.

Lorsqu'un dragon attaque son paisible village, ce n'est pas la terrifiante créature qui étonne Nikola, mais l'homme qui s’interpose. Haga, membre d’une élite envoyée par le roi pour étudier les phénomènes étranges, l'intrigue par ses manières excentriques. Il faut dire qu’il est débloqueur dans la vraie vie, car ce monde est celui d’un jeu de VR ! Cette rencontre pousse Nikola à quitter sa terre natale et à le suivre pour aller découvrir le monde qui l’entoure.

L'histoire nous entraîne dans le quotidien de femmes anthropomorphes, mi-femme mi-cheval, aux capacités de course à pied impressionnantes. Elles désirent devenir les meilleures idols et participer à la compétition de sport « Twinkle Series ». Pour y arriver, elles étudient à l'académie Nihon Uma Musume Training Center Gakuen, sous la tutelle de différents professeur qui vont les aider à faire leurs débuts.

En 1333, le gouvernement du shogunat de Kamakura tombe lorsqu’un homme de confiance, Takauji Ashikaga, organise une rébellion. Le jeune héritier de la lignée, Tokiyuki Hôjô, est le seul à échapper au massacre grâce à l’aide d’un prêtre, Yorishige Suwa. En fuite et luttant pour rester en vie, l’insaisissable Tokiyuki met en place son plan pour reconquérir sa place à Kamakura.

Une princesse venue d'un autre monde est transportée dans le Japon d'aujourd'hui et rencontre de drôles de personnages, notamment un détective qui la prend sous son aile !

Hitori "Bocchi-chan" (la petite solitaire) Goto est une lycéenne introvertie qui ne vit que pour sa guitare. Chaque jour, elle ne fait rien d'autre que de gratter son instrument, toute seule à la maison. Cependant, sa vie change lorsqu’elle rencontre un jour Nijika Ijichi qui cherche une guitariste pour son groupe appelé "Kessoku Band".

La vie quotidienne au lycée Nijigasaki dans le quartier d’Odaiba, à Tokyo, des treize membres du Nijigasaki High School Idol Club.

Miracle est une étudiante de l'Académie du monde virtuel ADEN. Elle admire Kizuna AI et veut, comme elle, devenir une artiste virtuelle. Le jour de sa première représentation, Miracle quitte la maison un peu anxieuse et arrive à la serre située à l'intérieur de l'école. Elle croise alors un mystérieux garçon qui lui offre une tasse de thé, ce qui l’apaise immédiatement. Lorsqu’elle reprend ses esprits pour se rendre à son premier cours, elle n’est pas au bout de ses surprises…

Hitori "Bocchi-chan" (la petite solitaire) Goto est une lycéenne introvertie qui ne vit que pour sa guitare. Chaque jour, elle ne fait rien d'autre que de gratter son instrument, toute seule à la maison. Cependant, sa vie change lorsqu’elle rencontre un jour Nijika Ijichi qui cherche une guitariste pour son groupe appelé "Kessoku Band".

Le lycée Nijigasaki prône la diversité et ses étudiants sont particulièrement libres. Yu Takasaki s'est prise d'une passion pour les idols lycéennes et décide donc de se rendre au club y étant dédié avec son amie Ayumu Uehara.

L'histoire débute quand Ai Ohto, une jeune fille de 14 ans, entend une voix mystérieuse l'appeler alors qu'elle se promène en ville tard la nuit. Cette voix lui donne un œuf et lui dit : « Si tu désires changer le futur, tu n'as qu'à choisir maintenant. Crois en toi et casse l'œuf. »

Avec son air enjoué et sa silhouette parfaite, Mona Kawai séduit tous les élèves de son lycée. Tous sauf un : Medaka Kuroiwa, transféré depuis peu, qui ne lui accorde pas même un regard. Elle qui a passé toute sa vie à se faire aduler ne comprend pas cette indifférence. Elle décide alors de tout faire pour le séduire, quitte à aller jusqu'à provoquer des situations parfois gênantes. Mais cela suffira-t-il ?