L'oncle de Sonoko Suzuki, Jirokichi, a invité Conan et ses amis dans le plus grand dirigeable au monde, le Bell Tree, où se trouve un diamant d'une valeur inestimable. Tout ceci n'est que ruse afin de pouvoir enfin capturer le célèbre Kaito Kid. Mais de mystérieux terroristes armés jusqu'aux dents font irruption, et injecteront un virus mortel dans le dirigeable si leurs requêtes se sont pas satisfaites. Conan et ses amis sont piégés, commence alors une bataille pour survivre ! Pourront-ils sortir de cette situation ?

Alors que Pop doit se rendre dans le monde magique pour passer un examen de magie, Hana la suit. En essayant de la rattraper, Pop découvre dans le jardin de la reine une fleur différente des autres. Curieuse, Pop cueille la fleur et la rapporte dans le monde des humains. Seulement, cette fleur est la "Witch Queen Heart", une fleur très rare qui a le pouvoir d'exaucer les vœux. Si le vœu est bon, la fleur restera blanche, mais si le vœu est mauvais, elle changera de couleur et finira par se répandre dans toute la ville, réalisant les vœux de tout le monde. Après une dispute avec sa sœur, Doremi, Pop souhaite qu'elle cesse d'être une sorcière et devienne un rat, ce qui fait changer la fleurdecouleur.Commence alors une course contre la montre pour retrouver Doremi et empêcher la fleur de causer des dégâts.

Les légendes racontent que une femme appelée Mayuri qui, dans le passé éloigné, c'est jeté elle-même dans le fleuve après la mort de l'homme qu'elle a aimé, Zenjuro. Une créature étrange pleurant de a été trouvée près de son corps une grenouille, et les gens du pays sont venus ainsi pour honorer une pierre en forme de grenouille qu'ils ont crée dans la mémoire des amoureux. Doremi, Aiko, Hazuki, Onpu, et Momoko sont en vacances chez le grand père de Doremi qui habite dans les montagne proche de Fukuyama où ces événements ont eu lieu. Là, elles apprennent que le mystère de la pierre de la grenouille, et un endroit magique où la magie se mélangeait dans la vieille campagne. Bien que les adultes exigent que les enfants restent loin de la montagne pendant la soirée imminente de la lune du sourire, elles vont de toute façon visiter la pierre de grenouille. Et le long de la forêt, les rumeurs de la montagne de Fukuyama commencent à devenir vrai.

L'histoire suit Mire Yoshizuki, 27 ans, employée de bureau de Tokyo qui vient de rentrer au Japon, Sora Nagase, 22 ans, étudiante de quatrième année, qui aspire à devenir enseignante, et Hiroshima, jeune garçon de 20 ans, à temps partiel. Okonomiyaki, ouvrière et pigiste Reika Kawatani. Ce qui rassemble ces trois femmes d'horizons complètement différents est un joyau magique. Une "nouvelle histoire magique" commence quand ils sont mystérieusement réunis par hasard et se lancent dans un voyage.