Sur la planète Daikuuriku où chaque être humain naît femme, le Simulacrum domine le ciel grâce aux Simoun et à son avancée technologique. Mais la nation voisine d'Argentum cherche à découvrir le secret des Simoun et déclare la guerre au Simulacrum. Les Sibylla, ces jeunes filles qui pilotent les Simoun, vont alors devoir connaître l'horreur de la guerre afin de repousser l'invasion et protéger tous ceux dont elles ont la garde.

Sur la planète Aqua (deuxième nom de Mars), se trouve une ville aqueuse nommée Néo-Venezia, autrement dit, la Venise de la planète Aqua. Dans cette ville, ou l'on ne peut se déplacer qu'en gondoles ou à pied, se trouvent des gondolière professionnelles appelées "Undines" qui agissent comme des guides touristiques. Akari Mizunashi vient de "Man-Home" (deuxième nom de La Terre) et travaille comme apprentie Undine dans la Société Aria. Son plus grand rêve est de devenir une Undine. A travers ce magnifique décor, elle rencontrera toutes sortes de personnes qu'elle emmènera sur sa gondole. 

Il y a 13 ans, un programme virus fut créé accidentellement et détraqua l'ordinateur principal du Bureau d'Administration d’Énergie, transportant le bâtiment dans une autre dimension et l’humanité a obtenu une étrange énergie appelée Enetron. À notre époque, l'Enetron est devenue une source d'énergie indispensable, mais le virus, depuis l'autre dimension, commence à envahir la Terre. Les seuls qui peuvent s'y opposer sont trois enfants qui se sont échappés du bâtiment à l'époque...

Il y a 13 ans, un programme virus fut créé accidentellement et détraqua l'ordinateur principal du Bureau d'Administration d’Énergie, transportant le bâtiment dans une autre dimension et l’humanité a obtenu une étrange énergie appelée Enetron. À notre époque, l'Enetron est devenue une source d'énergie indispensable, mais le virus, depuis l'autre dimension, commence à envahir la Terre. Les seuls qui peuvent s'y opposer sont trois enfants qui se sont échappés du bâtiment à l'époque...