Yuko et Eri, deux jeunes filles tout à fait normales se retrouvent projetées dans un monde peuplé d'étranges petits hommes. Le peuple de ce monde mystérieux voit alors en elles de "Grands Protecteurs" capable de les protéger du conflit qui embrase leur monde. Les deux jeunes filles, avec l'aide d'un petit groupe du village où elles ont atterri, essayent de découvrir comment elles ont arrivées là et partent à la recherche du moyen qui pourrait les renvoyer chez elles. Malheureusement prises dans les conflits de ce monde si étrange, elles se retrouvent être des instruments politiques.

Turn A Gundam prend place dans pendant l'année 2345 du Correct Century. Après des siècles d'isolement, les habitants de la Lune (appelés Moonrace ou Sélénites en français) en manque de ressource décident de revenir s'installer sur Terre. Mais ce retour est perçu comme une invasion par les terriens qui s'organisent alors en milice armées. Lors d'une bataille, Loran Cehack jeune éclaireur sélénite arrivé sur terre 2 ans auparavant et maintenant bien intégré, découvre un mystérieux Mobile Suit : le ∀ Gundam.