Kôta est un étudiant qui a la poisse. Où qu’il aille, les ennuis le suivent ! Quand il rencontre Shinomiya Naoya, un étudiant né sous une bonne étoile, il décide de trainer avec lui pour rééquilibrer sa chance mais tout ne se passe pas comme prévu.

Le monde est tourmenté par Shocker, une mystérieuse organisation terroriste, qui recrute ses agents en kidnappant des personnes qu'ils transforment en mutants cyborgs. Takeshi Hongo, l'une des victimes, se rebelle juste avant la phase finale de sa transformation. A l'aide de ses nouveaux pouvoirs, il décide de combattre Shocker...

Une éruption solaire a réveillé les poupées Spark des profondeurs de la terre et de l'océan! Quinze ans plus tard, Daichi Ozora se transforme en Ultraman X pour combattre les menaces des extraterrestres et des monstres. Il est également membre de Xio, une équipe créée pour lutter contre les menaces monstrueuses.