A Okamidani, les bruits qui proviennent de la montagne sacrée font craindre que ne se réveille Majin, un esprit guerrier enfermé dans une statue de pierre. Alors que se déroule une cérémonie destinée à l'apaiser, Hanabusa, le seigneur des lieux, est attaqué et tué dans sa demeure. Grâce à la réussite de ce complot, Samanosuke Odate devient le nouveau maître de la région, sur laquelle il va désormais faire régner la terreur. Le seul endroit où les enfants du seigneur assassiné peuvent désormais être en sécurité est la montagne interdite, résidence de Majin.

Zatoichi nous revient plus guilleret que jamais, débutant le film par un tournoi de sumotori qu'il remportera avec beaucoup d'énergie. Mais, rassurez-vous, le pessimisme ambiant ne tardera pas à refaire vite surface. La tête de Ichi est mise à prix par un parrain local. Les yakuzas, alléchés par l'argent, n'hésitent pas à s'en prendre à lui et à périr sous sa lame. Cependant, obligé de tuer un jeune yakuza attiré par la prime, Ichi décide de se rendre au village du défunt afin de présenter ses excuses à la mère de celui-ci ainsi que pour trouver qui a mis sa tête à prix...

Sur son éternelle route, Ichi est chargé par un mystérieux homme de remettre une lettre à une jeune femme. Arrivé à sa destination, une ville tenue par le corrompu Jinbei, il apprend que son commanditaire n'était autre qu'un assassin en fuite, cherchant à recontacter sa sœur. Ordonné par Jinbei, il a tué un homme avant d'être trahi et exilé sur une île. Ayant juré vengeance, Zatoichi aura une nouvelle fois fort à faire pour sauver la vie de l'homme, s'occuper de l'enlèvement de sa colocatrice, croiser les fantômes de sa jeunesse et rétablir la justice.

De passage dans une auberge, Zatoichi se trouve fortuitement au chevet d'une femme à l'agonie et recueille ses dernières volontés : retrouver le géniteur de son enfant, un nommé Shokichi, artiste peintre au village de Maébara. Arrivé à destination, le masseur découvre bientôt que le père est mêlé contre son gré à un trafic d'œuvres d'art érotiques dirigé par le gouverneur local. Dès lors, deux défis attendent notre justicier aveugle : arracher Shokichi des griffes du clan yakuza à la solde de l'officier corrompu ; et convaincre l'espion shogunal Jushiro Akatsuka, dépêché sur place pour étouffer l'affaire, de l'innocence de son protégé.

Mr Tajimaya, homme d'affaires peu regardant, veut détruire une partie d'un village (qui est d'ailleurs un lieu sacré) pour à la place y construire un bordel, malgré le mécontentement des villageois. Il a hérité de cette terre en faisant jadis affaire avec Jinbei, ex-propriétaire du lieu, lui prêtant de l'argent afin d'acheter des médicaments pour sa femme malade. Jinbei, ne pouvant payer, avait mis en effet son terrain en gage. Profitant du passage d'un magistrat religieux (et corrompu) sans qui le lieu de pèlerinage n'aurait pu être détruit, Tajimaya organise une petite fête atypique: il invite un conteur pour qu'il raconte les "100 Histoires". La tradition veut qu'à chaque histoire, une bougie soit éteinte. Et qu'à la fin de la dernière histoire, tous les convives participent à un rituel pour conjurer le mauvais sort, sans quoi des fantômes et démons apparaîtraient...

Junichi, jeune homme issu d'une famille pauvre de la ville très touristique de Karuizawa, est engagé dans un restaurant huppé. Son objectif : s'éléver dans la société. Mais à la suite d'un malentendu, il est renvoyé. Il fait à cette occasion la connaissance de Keiko, riche épouse solitaire, et de son fils de cinq ans. Sous son charme, Junichi devient le tuteur de l'enfant...