Dans la nuit, un individu muni d'une mallette se fait attaquer par des malfrats masqués. Il est sauvé de justesse par Cutey Honey. La mallette de l’homme, archéologue, contient une étrange chrysalide qu’il a volé à aux Panther Clow. Ce papillon, originaire du Mexique et disparu depuis 6 000 ans, serait d’après une légende un ange gardien aidant les hommes à rejoindre le paradis. Les Panther Clow réitèrent une tentative pour récupérer le cocon mais échouent de nouveau... Ils réussissent cependant à kidnapper la meilleure amie de Cutey Honey. Pour la sauver, notre héroïne accompagnera l’archéologue en Amérique centrale sur les traces d'une l’ancienne civilisation...

Alors que Pop doit se rendre dans le monde magique pour passer un examen de magie, Hana la suit. En essayant de la rattraper, Pop découvre dans le jardin de la reine une fleur différente des autres. Curieuse, Pop cueille la fleur et la rapporte dans le monde des humains. Seulement, cette fleur est la "Witch Queen Heart", une fleur très rare qui a le pouvoir d'exaucer les vœux. Si le vœu est bon, la fleur restera blanche, mais si le vœu est mauvais, elle changera de couleur et finira par se répandre dans toute la ville, réalisant les vœux de tout le monde. Après une dispute avec sa sœur, Doremi, Pop souhaite qu'elle cesse d'être une sorcière et devienne un rat, ce qui fait changer la fleurdecouleur.Commence alors une course contre la montre pour retrouver Doremi et empêcher la fleur de causer des dégâts.

L'histoire de Precure All Stars New Stage 3 : Eien no Tomodachi suit les Pretty Cure qui se dirigent vers un monde où les rêves sont menacés. Un mystérieux ennemi menace de transformer les rêves et les ambitions des enfants partout dans le monde en cauchemars.

Mirai et Rico viennent dans le monde des humains pour jouer, mais elles sont séparées lorsque la Sorcière et son bras droit Torauuma apparaissent avec un bien vilain but : capturer les larmes de 44 jeunes filles Precure.