Le 14 octobre 2011, deux pour cent des êtres humains ont disparu de la surface de la Terre de manière inexplicable. Les habitants de la petite ville de Mapleton sont confrontés à cette disparition lorsque nombre de leurs voisins, amis et amants s'évanouissent dans la nature en un instant. Trois ans plus tard, la vie a repris son cours dans la bourgade dépeuplée, mais rien n'est plus comme avant. Personne n'a oublié ce qu'il s'est passé ni ceux qui ont disparu. Certains tentent de comprendre, d'autres d'oublier, ou de se souvenir. Chacun va devoir faire face à l'effondrement de ses croyances, au deuil.

Raymond « Red » Reddington, l’un des fugitifs les plus recherchés par le FBI, se rend en personne au quartier général du FBI à Washington. Il affirme avoir les mêmes intérêts que le FBI : faire tomber des criminels dangereux et des terroristes. Reddington coopérera, mais insiste pour ne parler qu’à Elizabeth Keen, une profileuse inexpérimentée du FBI. Keen s’interroge sur l’intérêt soudain que Reddington lui porte, bien qu’il soutienne que Keen est très spéciale. Après que le FBI a fait tomber un terroriste sur lequel il a fourni des informations, Reddington révèle que ce terroriste n’est que le premier de beaucoup d’autres à venir : durant les deux dernières décennies, il a fait une liste des criminels et terroristes qu'il croit introuvable par le FBI parce que ce dernier ignorait leur existence et que ce sont les plus importants. Reddington l’appelle « La Liste noire » (« The Blacklist »).

Elliot est un jeune programmeur anti-social qui souffre d'un trouble du comportement qui le pousse à croire qu'il ne peut rencontrer des gens qu'en les hackant. Il travaille pour une firme spécialisée dans la cyber-sécurité mais un homme connu sous le nom de Mr Robot l'approche un jour pour faire tomber une compagnie surpuissante qui fait partie de celles qu'il doit justement protéger…