Ittô Ogami est payé pour éliminer O-Yuki, une redoutable femme guerrière qui servait dans la garde d'élite de son suzerain jusqu'au jour où elle fut atteinte d'une inexplicable folie meurtrière. Sa mort évitera au fief l'ingérence du pouvoir central. Ogami retrouve bientôt O-Yuki, fille d'une grande beauté qui se bat seins nus (et tatoués) pour mieux déstabiliser ses adversaires. Il comprend bientôt la tragique raison qui pousse O-Yuki à tuer les samouraïs de son clan, mais ne renonce pas pour autant à honorer son contrat. Au même moment, un combat d'une toute autre ampleur attend Le loup à l'enfant : prévenu par ses espions, Retsudô Yagyû est déjà sur les lieux, prêt à défier Ogami en combat singulier.

Sur la route, le Loup à l'enfant est provoqué en duel à cinq reprises par les meilleurs guerriers du fief Kuroda, chargés de vérifier son invincibilité avant de lui confier une mission cruciale : tuer le moine Jikei qui s'apprête à trahir leur suzerain en remettant au clan Yagyû un document compromettant : Kuroda, amoureux fou de sa concubine et manipulé par elle, a en effet signé un décret interne faisant de leur fille son héritière, au détriment de son fils légitime. Ogami accepte le travail et part à la recherche du moine. Mais le clan Yagyû est prêt à tout pour récupérer le document qui lui permettra, au nom du Shôgun, de démanteler le fief Kuroda et de récupérer ses territoires.

Japon féodal, ère Edo : Ittô Ogami est le bourreau officiel du Shôgun. Cette fonction, convoitée par tous les maîtres d'armes de la cour, consiste à décapiter les suzerains vassaux condamnés, pour rébellion, au hara-kiri. Elle procure le privilège d'arborer le blason du Shôgun, d'être admis à ses audiences personnelles., Retsudô Yagyû, maître d'armes assoiffé de pouvoir, compte bien récupérer pour son compte ce poste prestigieux... Un jour, Ogami est accusé à tort par Retsudô de comploter contre le Shôgun. Déchu de ses titres, condamné à se faire hara-kiri, il choisit de fuir avec son fils. Conscient que cette affaire, si elle s'ébruitait, porterait atteinte à la légitimité de son pouvoir, le Shôgun ordonne secrètement à Retsudô, à son clan de redoutables ninjas d'éliminer au plus vite Ittô Ogami. Devenu tueur à gages sous le nom du Loup à l'enfant, l'ancien bourreau du Shôgun n'a plus qu'une raison de vivre : se venger de Retsudô, prouver son innocence...

Incapable de venir à bout d'Ittô Ogami, Retsudô Yagyû n'a plus les faveurs du Shôgun. Ce dernier, qui ne croit plus aux chances d'un règlement secret de l'affaire, est sur le point de reconnaître officiellement l'existence du trublion Ogami alias Le loup à l'enfant et d'ordonner son arrestation par décret. Retsudô joue alors sa dernière carte pour regagner la confiance de son maître : la magie noire, arme déloyale personnifiée par le dernier de ses fils, Hyoé, fruit d'une liaison adultère, et qu'il avait pour cause toujours caché. Le dernier rejeton du presque déchu Retsudô Yagyû va lancer contre Le loup à l'enfant ses mygales ninjas aux redoutables pouvoirs surnaturels…

Un samouraï et son fils pourchassent un shogun afin de venger la meurtre de leur épouse et mère.

Devenu tueur à gages, Ittô Ogami est approché par un fief vassal que le shôgunat veut placer sous son autorité directe, sous prétexte de troubles sociaux intérieurs. On lui explique que cette agitation a été provoquée par des espions shôgunaux pour justifier l'intervention du pouvoir central attiré par la richesse du fief : une teinture spéciale au secret de fabrication bien gardé. Pour cinq cents pièces d'or, Ogami doit retrouver et tuer l'artisan teinturier, gardien du secret, que trois mercenaires ont enlevé pour l'amener à Edo. Ce sont les sanguinaires frères Ben, Ten et Rai. Lancé à la poursuite du "trio infernal", Le loup à l'enfant devra, en chemin, se méfier des terribles femmes ninjas aux ordres de la belle Saka Yagyû, chef d'une branche cadette du clan Yagyû de Retsudô…

Tueur à gages infaillible, le Loup à l'enfant fait figure de sauveur pour les fiefs vassaux menacés de démantèlement par le pouvoir central. Un jour, il vient en aide à une jeune paysanne condamnée à la prostitution par un clan yakuza et accepte d'être torturé à mort en échange de sa liberté. Impressionnée par son courage, la femme dirigeant le clan comprend bientôt qu'elle a affaire au fameux Loup à l'enfant et lui raconte son histoire : avant de devenir yakuza, elle était la fille d'un grand samouraï déchu après la condamnation de son suzerain victime d'un complot mené par un vassal ambitieux. Ogami accepte de tuer le traître. Mais l'homme, devenu depuis gouverneur, va lever une armée entière contre le Loup à l'enfant, convaincu qu'en l'éliminant, il s'attirera les faveurs du clan Yagyu…