Au XXIIe siècle, la Lune et Mars ont été colonisées par les Terriens. Elles ont été rendues vivables grâce à la technologie des nanomachines. Mais des vaisseaux hostiles d'origine inconnue détruisent les vaisseaux chargés de protéger Mars. Les colonies fondées sont rapidement détruites. Tenkawa Akito, un jeune pilote, se retrouve projeté mystérieusement sur Terre, à la suite de la destruction de sa colonie, Utopia. La NERGAL, une riche organisation, construit un vaisseau de combat extrêmement avancé, dans le but de retrouver des survivants sur Mars. Les membres de l'équipage sont recrutés parmi les meilleurs éléments de la population terrienne. En suivant Yurika Misumaru - amie d'enfance mais également capitaine du Nadesico - Akito se retrouve enrôlé contre son gré en tant que cuisinier, mais en tant qu'ex-pilote il se retrouvera de plus en plus fréquemment au front.

Le héros de l'histoire se nomme Ryoma Echizen, un japonais qui a vécu de nombreuses années aux États-Unis. Son père, Nanjiro Echizen, connu comme étant le « Samurai », est devenu un grand champion de tennis internationalement reconnu. L'histoire commence alors que Ryoma arrive au Japon et décide de s'inscrire au collège Seishun Gakuen, connu également sous le nom de Seigaku, qui possède une équipe de tennis très compétente.

Utena est une petite fille lorsqu'elle perd ses parents. Alors qu'elle ne tient plus à la vie, et n'a pour seule envie que de rejoindre ses parents dans la mort, apparaît un prince, Dios, qui en lui montrant quelque chose dont elle ne se souviendra pas, lui donne le courage de vivre et surtout l'envie de lui ressembler. En souvenir de ce jour, il lui offre une bague qui doit lui permettre de le retrouver. Celle-ci porte l'emblème de l'académie Ôthori.

Cette nouvelle série suit là où la précédente s'est arrêtée, c'est-à-dire après le tournoi national inter-collèges. Les titulaires du club de tennis de Seigaku font partie des 50 collégiens invités à participer au stage des représentants de moins de 17 ans de l'équipe nationale de tennis du Japon, où seuls les meilleurs joueurs lycéens sont sélectionnés. Parmi les invités, nous retrouvons notamment les équipes ayant participé au tournoi national comme Hyotei, Rikkai, et Shitenhouji.

Another Story se déroule après les phases finales du tournoi national de “Tennis no Ouji-sama : Zenkoku Taikai-hen Final”.

Le monde est tourmenté par Shocker, une mystérieuse organisation terroriste, qui recrute ses agents en kidnappant des personnes qu'ils transforment en mutants cyborgs. Takeshi Hongo, l'une des victimes, se rebelle juste avant la phase finale de sa transformation. A l'aide de ses nouveaux pouvoirs, il décide de combattre Shocker...

Les mushi sont des créatures primitives aux pouvoirs sortant de l'ordinaire, à la frontière entre les êtres vivants et les choses inertes. Leur nature même empêche la plupart des humains de les distinguer, mais leur existence n'est souvent pas sans conséquence. Ginko, un homme taciturne et au passé mystérieux, est l'un de ces mushishi, ces experts en mushi ayant le don qui permet de les voir et tâchant de les faire cohabiter avec les humains. Voyageant de village en village, suivez-le dans ses aventures…