L'histoire se déroule au Japon, dans un futur très proche, où un sport mondial, le Beyblade, est apparu, bien qu'il daterait de temps très anciens. Dans ce sport, les participants s'affrontent dans un Stadium avec des toupies très perfectionnées, le but étant d'éjecter la toupie adverse hors du Stadium ou de la faire s'arrêter. Chaque toupie est conçue par son propriétaire, et donc unique. Les toupies sont des puissances de la nature et elles peuvent lancer des coups spéciaux.

Les trois sœurs Hieda Yuzu, Kurako et Tama sont des "Mikos", des prêtresses capable par l'intermédiaire d'un objet sacré et de leurs prières de conduire le pouvoir des cieux jusqu'à la Terre. Tadahiro est un ami d'enfance de Yuzu, pourtant lorsqu'il revient la voir pour la première fois depuis de nombreuses années, de mystérieux ennemis font également leurs apparitions. Leur but serait de s'emparer de l'œil magique du jeune garçon. Yuzu va alors former le comité des "Mikos", regroupant ses deux sœurs et quatre de ses amis afin de pouvoir protéger Tadahiro.

Miyu est une jeune vampire pas comme les autres. Contrairement aux autres vampires, elle ne mord que les gens qui le désirent et ne craint ni la lumière du jour, ni l'eau bénite, ni les croix… Son âge s'est figé à 15 ans, car c'est là qu'elle a découvert qu'elle était une vampire. Elle est la descendante d'une famille qui chassait les Shinma (créatures malfaisantes mi-dieu mi-démon) afin de les renvoyer dans leur monde. Elle est accompagnée de Larva, un Shinma envoyé pour la tuer qui a finalement trahi les siens et est désormais son « serviteur ». Il a perdu la voix et son visage en punition.

Seina Yamada est malchanceux… Après 6 mois d'absence, il est de retour chez lui ! Après avoir fait une chute à vélo, il se fait inonder par un vaisseau qui a atterri sur le lac à côté duquel il se trouvait. À son réveil il fait la connaissance de l'auteur des faits, une jolie blonde répondant au nom d'Amane Kaunaq. Elle lui remet une brochure pour rejoindre la Galaxy Police suite à un malentendu. Le garçon rentre chez lui et sa famille voyant le dossier « se ligue contre lui » afin de lui faire remplir de force le formulaire et ainsi « se débarrasser » de leur fauteur de trouble de fils ! Et voilà notre garçon loin de sa famille dans l'espace à se demander ce qu'il va bien pouvoir accomplir au sein de la Galaxy Police !