Hairi et Danny travaillent tous les deux pour Klon Technologies à la recherche d’antidotes pour les différents virus qui agressent les habitants de la ville de Metrofulus. Alors qu’ils travaillaient sur l’éradication du virus 266, Hairi ingère accidentellement un lézard contaminé. Dès lors, il constate assez vite qu’il se met à disposer de capacités hors normes : une agilité et une force sur-humaine, la capacité de ramper sur les murs ainsi qu’une langue puissante et extensible. Cicakman le super heros est né!

Le héros est une grenouille vivant au sein de la forêt tropicale en Amazonie et qui souffre d'une crise d'identité.

Le diabolique Professeur Klon est de retour. Cette fois-ci c’est pour contrôler l’approvisionnement en eau potable de la terre qu’il menace d’empoisonner selon un plan baptisé “Black Planet”. Dans 72 heures, l’eau deviendra noire et polluée. Heureusement que Cicakman veille dans la mégalopole de Metrofulus.