Il y a huit ans, Citadel, agence internationale indépendante d'espionnage, est détruite par l'organisation Manticore. Les agents d'élite Mason Kane (Richard Madden) et Nadia Sinh (Priyanka Chopra Jonas) frôlent la mort et leur mémoire est effacée. Huit ans après, l'ancien collègue de Mason, Bernard Orlick (Stanley Tucci) l'appelle à l'aide pour empêcher Manticore d'imposer un nouvel ordre mondial.

Le Docteur et sa compagne Ruby Sunday voyagent à travers le temps et l'espace, avec des aventures allant de l'époque de la Régence en Angleterre jusqu'aux mondes futurs déchirés par la guerre. Tout au long de leurs aventures dans le TARDIS – un vaisseau voyageant dans le temps en forme de cabine téléphonique – ils rencontrent des amis incroyables et des ennemis dangereux, dont un terrifiant croque-mitaine et l'ennemi le plus puissant du Docteur à ce jour.