Il y a bien longtemps Môryô, un puissant démon, qui avait mené le monde au bord de la destruction, est aujourd'hui ramené à la vie par un être malfaisant. La nouvelle mission de Naruto est de protéger Shion, la prêtresse du Pays du Démon, menacée par Môryô. Elle est en effet la seule capable de sceller son âme maléfique. Elle a aussi un autre don : prédire le destin d'une personne sans jamais se tromper ! Sa dernière prédiction : Naruto va bientôt mourir'. Le seul moyen pour Naruto d'échapper à ce présage serait d'abandonner Shion au démon, mais ce n'est pas vraiment son style !

Parmi les cinq grandes nations ninja, les ninjas de Kumo, Iwa, Kiri, Suna, possédant un Kekkei Genkai disparaissent les uns après les autres !! Le seul pays non ébranlé est le pays du feu, les autres nations commencent alors à penser que ceci n'est pas une coïncidence. Malgré la tension de la situation qui semble conduire vers une autre guerre mondiale ninja, pourquoi Kakashi est-il parti du village... ?!

Naruto, Sasuke et Sakura sont chargés d'escorter Yukie Fujikaze, une actrice célèbre, au pays des neiges, lieu de son prochain tournage. Mais Yukie n'est pas décidée à faire le voyage. Toujours courageuse à l'écran, l'actrice semble dissimuler de lourds secrets... Naruto et son équipe vont aider Yukie à affronter son destin et à renouer avec son passé.

Tout commence sur une plage près du village de Suna. Gaara et les ninjas du Sable sont confrontés à un mystérieux ennemi. Pendant ce temps, Naruto, Sakura et Shikamaru sont attaqués par le même ennemi lors d'une mission. Parmi eux se trouve un étrange garçon en armure, doté de grands pouvoirs. Retrouvés blessés par la caravane d'un peuple nomade, Naruto et le garçon nommé Temujin vont faire connaissance. Temujin appartient à un groupe idéaliste qui rêve de construire Utopia : un lieu où règne la paix et où le faible est protégé. Pour cela, Temujin est à la recherche d'une pierre mystérieuse, la Pierre de Guelel. Mais les apparences sont trompeuses...

Un mystérieux groupe de ninja attaque par surprise le village de Konoha et provoque de grands dommages. Le cauchemar d'une autre guerre mondiale ninja pourrait bien devenir réalité. Sasuke, qui avait quitté Konoha pour partir à la recherche de son frère Itachi, apparait dans ce film car il est chargé de chercher un rouleau qui guérira les blessures d'Orochimaru. Ce film est principalement basé sur la relation entre Naruto et Sasuke.

Naruto, Kakashi, Sakura et Lee sont envoyés en mission pour escorter un prince durant son voyage à travers le monde pour ensuite le ramener chez lui, au pays de la Lune. Étant un pays très riche, le prince n'hésite pas à acheter tout ce qu'il voit, et lors de son voyage il tombera sur un cirque qui possède un tigre à dents de sabre très rare et le prince veut le posséder à tout prix. Il achète alors le zoo entier. La mission de l'équipe 7 et Lee qui était de simplement protéger le prince se transforme en une mission pour protéger et le prince qui n'écoute personne et les animaux qu'il vient d'acheter. Mais ils parviennent malgré cela à rentrer au pays de la Lune, indemnes. Cependant, trois ninjas aux techniques terrifiantes les attendent.

Au cours d'une mission, l'équipe de Naruto, Sakura et Saï, encadrée par Yamato, doit se rendre au Pays du Vent, dans les ruines de la ville de Rôran. Là-bas, ils doivent protéger le sceau enfermant la source des pouvoirs de Mukade. C'est alors que notre héros se retrouve aspiré dans le passé. Il y rencontre Sâra, reine de Rôran ainsi que de mystérieux ninjas originaires de Konoha. L'un d'eux ressemblant étrangement au Quatrième Hokage... Ils lui apprennent que Mukade est arrivé ici six ans avant lui et qu'il n'est autre que le conseiller de la reine. La seule solution pour que Naruto puisse revenir dans le présent est de le vaincre. Mais il n'y arrivera pas tout seul...

L’histoire se déroule lorsque l’Homme Masqué (Tobi) enferme Naruto et Sakura dans un monde parallèle où leur vie est totalement différente. Son objectif : Mettre la main sur Kyuubi. Les retrouvailles avec ses parents est la chose la plus précieuse que Naruto désirait, même si ce n’était qu’un rêve. Maintenant il est enfin prêt pour arrêter l’Homme Masqué et son plan de l’Oeil de la Lune !

Le matin du jour de l'inauguration du nouvel Hokage, Naruto, ce dernier est encore profondément endormi. Il fut ensuite réveillé brutalement par Boruto, frustré de voir sa petit-sœur, Himawari prendre trop de temps à réveiller son père en douceur. Pendant le petit-déjeuner, Hinata déclara se charger de récupérer le Haori du Hokage spécialement cousu à la main par la même couturière qui coud traditionnellement les haori de tous les Hokage depuis le Premier. Hinata demanda alors à Naruto de se charger d'emmener les enfants avec lui à la cérémonie. Finalement, Hinata arriva sur place avant Naruto dû à un incident s'étant produit plus tôt. En effet, Boruto et Himawari se disputaient en tirant d'une extrémités à l'autre la peluche de Himawari et finirent par la déchirer. C'est à ce moment que, folle de rage, Himawari éveilla son Byakugan tout en poursuivant Boruto pour se venger.

Les filles du club de musique légère ont obtenu leurs diplômes. Pour fêter ça, elles décident d'utiliser leurs économies pour organiser un voyage, et la destination sera tirée au sort. C'est ainsi que Yui, Mio, Ritsu et Tsumugi partent en voyage, direction Londres ! Azusa, qui estimait devoir laisser ses sempaïs partir seules, décide au dernier moment de les accompagner.

Dans le village de Konoha, deux années après la 4ème grande guerre des ninjas, Naruto s’apprête à célébrer la fête de l’hiver entouré d’Hinata et de ses amis. Soudain, une météorite déchire la nuit de son intense lumière et voilà que la lune se rapproche anormalement de la Terre. Le Conseil des Kage se réunit en urgence face à cette menace de destruction de la planète ! Pour Naruto, Sakura, Shikamaru, Saï et Hinata le compte à rebours pour sauver la planète a commencé.

Le petit-fils du 3ème Hokage, Konohamaru, est finalement amoureux d'une fille, mais il a un grand problème, elle est juste de passage au village de Konoha. Ainsi donc Konohamaru essaye de faire durer son séjour le plus longtemps possible. C'est ainsi qu'il trouve le légendaire Trèfle Cramoisi qui est dit accorder n'importe quel désir…

Après un conflit qui a déchiré toute la région, Konoha connait enfin la prospérité et le progrès. C’est dans ce contexte paisible que Naruto est nommé 7e Hokage à la tête du Village des Feuilles. Il prépare la tenue du prochain examen de sélection des Ninjas de Moyennes Classes afin de détecter de nouveaux talents. Seule ombre au tableau : son fils Boruto, qui lui en veut terriblement car il se sent délaissé. Mais voilà que Sasuke rentre brusquement au village avec des informations inquiétantes… Boruto, en admiration devant le seul rival sérieux de son père, prend son courage à deux mains et supplie le dernier des Uchiwa de l’accepter comme disciple. Pendant les épreuves de l’examen, deux sombres individus s'attaquent à Naruto ! Boruto est tétanisé et ne doit la vie sauve qu’à l’intervention de Sasuke. Il découvre stupéfait que Naruto a disparu avec ses mystérieux agresseurs au cours de l’attaque éclair…

Miyuki et Natsumi sont de retour à Bokuto après un stage d'un an effectué dans d'autres services. Mais leur première journée n'est pas de tout repos : après avoir dû résoudre les problèmes liés à la panne subite et pour le moins étrange de plusieurs feux de signalisation, les voilà réquisitionnées pour participer à l'arrestation de trafiquants d'armes. Comme si cela ne suffisait pas, le chef se fait arrêter par le commissaire principal et des terroristes menacent de faire sauter les ponts qui enjambent la rivière Sumida...

Naruto, le Génie et les Trois Vœux est un OVA sorti le 31 juillet 2010 au Japon et en bonus DVD inédit présent uniquement en VOSTFR dans le coffret du 4e film de Naruto Shippuden, en France.

Konohamaru et Naruto participent tous deux aux Examens Chûnin organisés par Suna au Pays du Vent. Konohamaru et son équipe commencent dans la zone prévue pour la seconde moitié de l'examen où ils sont attaqués par un monstre. Naruto les en sauve et ils se rendent tous aux matchs préliminaires où Naruto est confronté à Konohamaru. Malheureusement, en raison d'une querelle, Naruto et Konohamaru n'entendent pas une grande partie des règles. Après les encouragements de la foule, Konohamaru commence la bataille en lançant une bombe fumigène puis utilise un Orbe Tourbillonnant Géant, une technique que Naruto ne lui avait pas enseignée auparavant. Naruto est capable de l'éviter de justesse. Ensuite, tous deux utilisent la technique du Multi Clonage Supra et s'attaquent l'un l'autre, Naruto avec un Rasengan et Konohamaru avec un kunaï.

L'équipe n° 7 (Kakashi Hatake, Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiwa et Sakura Haruno) est investie d'une mission de rang C : escorter Shibuki, le chef du village caché de Taki du Pays de la Cascade, lors de son voyage de retour vers son pays. La mission se déroule sans problèmes, mais une fois arrivés au village, ils rencontrent des renégats dont le but est de s'emparer de « l'eau des héros », eau magique délivrant une puissance extraordinaire à celui qui la boit (non sans effets secondaires). Le jeune chef de Taki va devoir trouver en lui la force et la confiance nécessaire pour repousser l'envahisseur. Sasuke et Naruto seront là pour l'aider…

C'est le festival des sports à Konoha et les équipes de Genin sont conviées, en l'occurence: Naruto, Sakura,Sasuke, Ino, Chôji, Shikamaru, Hinata, Kiba, Shino, Neji, Tenten et Lee. Naruto est enthousiaste à la vue de cet évènement mais malheureusement une envie de "dyarhée" le prend. Naruto va essayer de remporter les épreuves au plus vite histoire d'aller aux toilettes rapidement sachant qu'à chaque mi-temps, un obstacle se mettra en travers de sa route... Naruto arrivera-t-il à aller finalement aux toilettes ? La réponse dans ce mini-épisode de 10 minutes.

Naruto a causé trop de troubles, après une tentative d’assassinat sur le Raikage, il est enfermé dans une prison d’où l’on ne s’échappe pas. Elle a pour nom Hôzuki. Le maître des lieux s’appelle Mui, il utilise une technique de ninjutsu spéciale : l’Entrave Céleste, qu’il appose à tous les prisonniers. Cela les empêche de malaxer leur chakra et les rend impuissants. En prison, Naruto rencontre un ninja nommé Ryûzetsu qui lui parle de la Boîte du Paradis, une boîte légendaire qui date de l’époque de l’Ermite Rikûdo, et que Mui convoite. Elle aurait le pouvoir d’exaucer tous les voeux, et il semblerait que Mui ait besoin de Naruto pour l’ouvrir. Mais dans quel but ? Une chose est certaine, quelque chose ne tourne pas rond dans cette histoire…