1715, l'âge d'or de la piraterie dans les Caraïbes. L'ancienne colonie britannique de New Providence est contrôlée par les pirates. Parmi eux, le plus célèbre et le plus craint est le Capitaine Flint. Lorsque la flotte britannique décide de reconquérir ce territoire abandonné aux mains des hors-la-loi, Flint décide de lutter. Car le retour de l'Empire Britannique signifierait l'extinction des pirates. Allié à Eleanor Guthrie, dont le père règne sur la contrebande à New Providence, il met au point un plan pour sauver les pirates. Au même moment, un certain John Silver est recruté dans l'équipage de Flint, un étrange jeune marin qui va rapidement s'opposer au capitaine... Abordages, mutineries et trahisons : Black Sails entend bien rappeler à quel point le monde des pirates était violent et cruel, loin de leur image de héros des enfants.

Alors que les êtres humains se déchirent, sur fond de guerres de religion, les robots apprennent qu'il est compliqué et dangereux de vouloir contrôler les croyances des humains. Pendant ce temps, deux androïdes tentent d'élever un enfant humain sur une planète vierge.