Kanenone Gakuen est une école de garçons isolée de tout. Mais un grand évènement se prépare ! Une école de filles va venir passer un mois à Kanenone dans le but d'envisager le regroupement prochain des deux écoles afin d'en former une mixte. Bachi-Gu, Tenjin et Ichibanboshi sont très excités à cette idée tandis que leur camarade Yusuuke est chargé de préparer une fête de bienvenue. Une classe entière de jolies filles aux poitrines plus que généreuses arrive donc à Kanenone Gakuen et parmi elles, Midori qui est amoureuse de Yusuuke et semble le connaître depuis très longtemps alors que lui ne l'a jamais vue de toute sa vie.

Akari et Hiroyuki sont des amis d'enfance qui étudies dans le même lycée, mais Akari a un faible pour Hiroyuki depuis que celui-ci l'aidera à ramasser ses affaires de classe tombées par terre dans un jour de pluie. Par contre, Hiroyuki ne remarque pas celle qui vient le réveiller tous les matins et qui lui permet d'être tous les jours à l'heure au lycée.

Le jeune Hikaru découvre un jour dans le grenier de son grand-père un goban (plateau de go). L'objet se révèle hanté par un fantôme nommé Saï, ancien professeur de go de l'empereur sous l'ère Heian. Saï se retrouve piégé dans l'esprit d'Hikaru et lui donne peu à peu le goût du go. Se laissant guider dans ses débuts par Saï, Hikaru rencontre et vainc Akira, un jeune prodige. Dès lors, les deux jeunes garçons ne vont cesser de progresser et de se poursuivre.