À Kyoto, une jeune fabricante de kimonos aux idées traditionnelles se lie avec un professeur marié.

A la fin du 19ème siècle, un samourai (Sugi Toranosuke), déchiré entre son dévouement pour un Shogun vieillissant et les conseils de son ancien professeur, entre finalement en guerre pour venger la mort de ce dernier.

Lorsque Yumiko Tsuyama, potière de profession, vient demander une chambre à louer dans un vieux manoir surplombant Osaka, elle découvre une étrange collection de personnages qui y vivent déjà. Le chef improbable de cette ménagerie est Yoda Goro, qui parle couramment quatre langues, est un expert en chou farci et a écrit des livres pratiques couvrant tous les aspects de l'existence humaine.

Des pilleurs de tombes réveillent par erreur un terrible démon des ruines de Babylone. Ce dernier vole alors vers le Japon où il prend l´apparence d´un haut magistrat, multipliant les actes de vampirisation. Pour tenter d´arrêter le mal, la petite fille du fonctionnaire et un jeune paysan font appel à des Yokais, des fantômes pacifistes mais terrifiants.

Devenu tueur à gages, Ittô Ogami est approché par un fief vassal que le shôgunat veut placer sous son autorité directe, sous prétexte de troubles sociaux intérieurs. On lui explique que cette agitation a été provoquée par des espions shôgunaux pour justifier l'intervention du pouvoir central attiré par la richesse du fief : une teinture spéciale au secret de fabrication bien gardé. Pour cinq cents pièces d'or, Ogami doit retrouver et tuer l'artisan teinturier, gardien du secret, que trois mercenaires ont enlevé pour l'amener à Edo. Ce sont les sanguinaires frères Ben, Ten et Rai. Lancé à la poursuite du "trio infernal", Le loup à l'enfant devra, en chemin, se méfier des terribles femmes ninjas aux ordres de la belle Saka Yagyû, chef d'une branche cadette du clan Yagyû de Retsudô…

Un pauvre paysan, après des années de misère, devient un riche et puissant marchand d'Osaka.

Sur la route, le Loup à l'enfant est provoqué en duel à cinq reprises par les meilleurs guerriers du fief Kuroda, chargés de vérifier son invincibilité avant de lui confier une mission cruciale : tuer le moine Jikei qui s'apprête à trahir leur suzerain en remettant au clan Yagyû un document compromettant : Kuroda, amoureux fou de sa concubine et manipulé par elle, a en effet signé un décret interne faisant de leur fille son héritière, au détriment de son fils légitime. Ogami accepte le travail et part à la recherche du moine. Mais le clan Yagyû est prêt à tout pour récupérer le document qui lui permettra, au nom du Shôgun, de démanteler le fief Kuroda et de récupérer ses territoires.

Misawa Ihei est rônin maître du style Shindo-Muso, qui a fui son clan et vit modestement dans une auberge parmi des miséreux. Pourchassé, il a besoin d'argent pour passer la frontière et s'échapper du fief. Mais les petits emplois qu'on lui offre n'étant pas suffisant, il se résout à pratiquer le défi de Dojo, qui consiste à défier en duel le senseï d'un dojo contre une forte somme d'argent, pratique honteuse du point de vue d'un samouraï. C'est alors qu'il rencontre Oba Gunjuron un rônin qui pratique aussi le défi de dojo...