Un jeune homme, frappé d'une maladie incurable, est placé en sommeil cryogénique jusqu'à ce que la science puisse le guérir. Réveillé brutalement, Yuji découvre que des insectes géants dénommés « Blue » ont ravagé la Terre et que la race humaine est sur le point de s'éteindre ! Dès lors, il devra apprendre à combattre pour survivre dans une lutte des plus inégales où les pertes humaines sont légions ! Comment faire disparaître ces créatures, la Terre a-t-elle encore un avenir ?

Pendant un discours du père de Sonoko, le Kid fait son apparition, pour, cette fois, voler le tableau : Les Tournesols des flammes. Suivant cette apparition en direct, Conan et les détectives boys partent à sa rencontre. Pendant qu'ils sont chez Sonoko, avec le Kid déguisé en Shinichi, le manoir prend feu...

Ce film est une biographie du poète Kenji Miyazawa (1896-1933). Professeur atypique aux yeux de ses élèves, il les pousse à réfléchir à l'immensément grand et à l'infiniment petit. On accompagne Kenji dans ses réflexions, ses hallucinations, et ses recherches d'une source de vie qui guiderait le monde...