Un étudiant brillant, Light Yagami, trouve un jour le Death Note (Cahier de la Mort) qu'a égaré Ryûk, un shinigami. Grâce à cet ouvrage, on peut programmer la mort de celui dont on écrit le nom. Light tente alors d'éradiquer les rebus de la société : meurtriers, violeurs... Tous meurent subitement de façon inexpliquée. Désemparée face à ce phénomène, Interpol s'en remet à L, un détective introverti, pour trouver des explications. Désormais, Light est traqué tandis qu'il s'imagine façonner un monde idéal, sans criminel, si ce n'est lui...

Lorsqu'une affaire ne peut être élucidée par manque de preuves, témoins, etc., elle est souvent abandonnée et mise au placard. Mais, grâce à une nouvelle branche de la Police Métropolitaine de Tokyo, ces affaires peuvent enfin être résolues ; c'est ici le but du Bureau Spécial des Investigations avec l'aide de la police scientifique. On découvre alors une toute jeune recrue, Izumi Sakuragi qui va découvrir un monde tout à fait différent de ce qu'elle avait connu précédemment... Entre la douleur des familles qui ont perdu un être cher, les témoins qui ne veulent plus parler, et les criminels qui sont toujours en liberté. Notre jeune héroïne réalise que la ré-ouverture d'un dossier plusieurs années plus tard révèle toujours des cicatrices profondes.

Le détective Ukyo Sugishita enquête sur les affaires criminelles selon ses propres méthodes. Ukyo sera accompagnés de différents partenaires au fil des saisons.

Dans les années 1980, un simple d'esprit nommé Hideaki rencontre la légende comique Sanma, se rebaptise Jimmy et devient un humoriste superstar.