Le scénario de ce film est inspiré d’un récit des frères Strougatski où il s’agit d’une ville fantôme avec un internat pour enfants surdoués avec pour professeurs des êtres bizarres surnommés « aquatiques », ressemblant à des mutants ou à des extraterrestres. Le climat dans cette ville change tout le temps et sans raison apparente. On dirait un déluge total. Des commissions différentes y viennent étudier ce phénomène. Parmi les enfants de cet internat se trouve la fille de l’écrivain Victor Banev qui entreprend ses recherches visant à mettre au clair le destin de tous ces enfants et le sort de l’humanité qui en dépend directement.

Alors qu’elle essaie d’échapper à la police, Anya, une jeune femme réservée et écorchée, rencontre Kristina, une petite orpheline déterminée à retrouver la seule famille qui lui reste. Une relation intense va se tisser entre les jeunes filles, qui vont traverser la Russie dans un voyage aussi difficile qu’inattendu.

Invisible pour ceux qui l'entourent, un réalisateur contemporain se retrouve comme par magie dans le musée de l'Ermitage à Saint-Pétersbourg au début du XVIIIe siècle. Il y rencontre un cynique diplomate français du XIXe siècle. Les deux hommes deviennent complices au cours d'un extraordinaire voyage dans le temps, à travers le turbulent passé de la Russie, qui les conduit jusqu'à nos jours.

Une famille italienne vient dans une ville provinciale russe pour adopter un enfant. Le petit Vania, âgé de six ans, leur plaît, et ils l'adoptent. Mais les copains de Vania lui donnent le surnom "l'Italien". Une vie en Italie sans malheurs et sous le soleil attend le petit garçon, mais il décide de trouver sa vraie mère et part à sa recherche. Le directeur de la maison de l'enfance comprend que l'adoption pourrait être compromise. Avec une femme d'affaires, que l'on appelle "la Dame ", ils tentent de retrouver Vania.

Médecin chef et spécialiste du cerveau, Youri Glinski est également général de l'Armée rouge. 1953 : sa vie de père de famille bascule quand, à l'initiative de Staline, le KGB organise le complot des blouses blanches. Il est envoyé au goulag et torturé. Mais lorsque le Petit père des peuples se meurt, Youri est libéré pour le sauver.