Shaun est un petit mouton futé qui travaille, avec son troupeau, pour un fermier myope à la ferme Mossy Bottom, sous l’autorité de Bitzer, chien de berger dirigiste mais bienveillant et inefficace. La vie est belle, globalement, mais un matin, en se réveillant, Shaun se dit que sa vie n’est que contraintes. Il décide de prendre un jour de congé, avec pour cela un plan qui consiste à endormir le fermier. Mais son plan fonctionne un peu trop bien et il perd rapidement le contrôle de la situation. Une chose en entraînant une autre, tout le troupeau se retrouve pour la première fois bien loin de la ferme et plus précisément : dans la grande ville. Mais comment un mouton peut‐il survivre en ville ?

Le fermier et Bitzer se rendent à une foire agricole. Shaun se retrouve embarqué dans l'aventure un peu par hasard. Il croise la route de Fernando, Hector et Raul, des lamas aussi exotiques que rusés. Après un embrouillamini provoqué par le mouton, le fermier se voit contraint d'acquérir les trois animaux. L'arrivée des lamas, qui devait égayer le quotidien de la ferme, tourne au cauchemar...

Fondé en 1972 à Bristol, le studio Aardman est réputé pour ses productions en stop motion et en pâte à modeler, comme «Chicken Run» ou les différentes aventures de Wallace & Gromit. Au cours d'interviews, les créateurs du studio reviennent sur la genèse de leurs oeuvres, détaillent les particularités de leur méthode d'animation et livrent quelques anecdotes sur leurs tournages. Certains des acteurs qui ont prêté leurs voix aux personnages, dont Hugh Grant ou David Tennant, apportent également leurs témoignages lors de ce voyage dans l'histoire du studio d'animation.

Objectif Laine ! Un vaisseau spatial s’est écrasé près de la ferme de Shaun. À son bord, une adorable et malicieuse petite créature, prénommée LU-LA. Avec ses pouvoirs surnaturels, son goût pour l’aventure, et ses rots venus d’un autre monde, elle est immédiatement adoptée par le troupeau. Mais lorsqu’une sombre organisation gouvernementale se lance à sa poursuite, bien décidée à capturer la petite alien, la ferme contre-attaque ! Shaun et le troupeau vont tout faire pour aider LU-LA à rentrer chez elle.

Pour arrondir ses fins de mois, Wallace s'est spécialisé dans le nettoyage de vitres. C'est en allant nettoyer les vitres de la boutique de laine qu'il rencontre Wendolène dont il tombe amoureux. Mais Wendolène est accompagnée d'un chien pour le moins étrange qui pourrait bien être pour quelque chose dans toutes ces histoires de disparition de moutons qui causent une pénurie de laine dans la région... Shaun, le mouton qui s'était réfugié chez Wallace et Gromit, disparaît. Alors que Gromit part à sa recherche, il est pris pour un voleur de moutons et condamné à la prison à vie. Tout le monde se lance dans une course poursuite pour le délivrer et arrêter le vrai coupable.

L’excitation saisonnière de Shaun se transforme en consternation lorsqu’un raid dans une ferme pour obtenir de plus gros bas pour le troupeau conduit par inadvertance à la disparition de Timmy. Shaun peut-il récupérer Timmy avant qu’il ne devienne le cadeau de quelqu’un d’autre?