Reiji est un lycéen connu pour abandonner très vite tout ce qu'il entreprend, il n'a pas de passion et se soucie peut des autres. Un jour, son amie d'enfance va lui faire découvrir un jeu virtuel, dans lequel chaque joueur possède un dragon unique. Le dragon de Reiji, à première vue, se trouve être paresseux et surtout petit. Pourtant le jeune garçon et son dragon vont vite faire preuve de grande capacité et c'est pour cela qu'une organisation va les faire voyager vers un nouveau monde nommé Rikyu où de nombreux changements l'attendent.

Sur une petite île japonaise isolée de tout, la vie semble s'écouler tranquillement jusqu'au jour où une entité gigantesque inconnue fait son apparition non loin de là et commence à attaquer l'île. Seuls les enfants ne comprennent pas ce qui se passe et sont rapidement évacués dans des abris souterrains. Les adultes quant à eux, savent comment réagir. En quelques instants, des champs de force sont activés autour de l'île et un véritable arsenal de guerre caché au milieu de la ville est déployé afin de faire face à cette entité qu'ils nomment Festum.

Lorsque les vacances d'été commencent, Haruka ne pense qu'à traîner avec ses amis - jusqu'à ce qu'un soir fatidique, elle apprenne qu'elle est la clé de voûte d'une bataille interdimensionnelle pour non seulement l'avenir de la Terre, mais aussi la survie même de toute existence à travers le multivers.

Ippo est un jeune lycéen de 16 ans qui n'a pas d'amis car il occupe tous son temps libre à aider sa mère pour tenir son affaire de pêche. Mais il ne sait pas encore qu'un prestigieux destin l'attend ; alors qu'il se faisait martyriser par la bande d'Amezawa, Takamura (un grand boxeur japonais) vient lui porter secours. Les voyous hors d'état de nuire Takamura emmène le jeune lycéen dans son club de boxe. Ippo remis sur pied, Takamura lui proposera de se défouler sur un sac du club avec un dessin de Furyô dessus. Là se révélera une grande force et Ippo se découvrira une passion pour la boxe. Après avoir visionné une cassette et passé le test de Takamura avec brio, il entrera dans le club de boxe de Kamogawa. À la surprise générale il tiendra tête à l'un des génies du club de boxe ce qui va attirer l'attention de l’entraîneur du club.

Le héros de l'histoire se nomme Ryoma Echizen, un japonais qui a vécu de nombreuses années aux États-Unis. Son père, Nanjiro Echizen, connu comme étant le « Samurai », est devenu un grand champion de tennis internationalement reconnu. L'histoire commence alors que Ryoma arrive au Japon et décide de s'inscrire au collège Seishun Gakuen, connu également sous le nom de Seigaku, qui possède une équipe de tennis très compétente.

Cette nouvelle série suit là où la précédente s'est arrêtée, c'est-à-dire après le tournoi national inter-collèges. Les titulaires du club de tennis de Seigaku font partie des 50 collégiens invités à participer au stage des représentants de moins de 17 ans de l'équipe nationale de tennis du Japon, où seuls les meilleurs joueurs lycéens sont sélectionnés. Parmi les invités, nous retrouvons notamment les équipes ayant participé au tournoi national comme Hyotei, Rikkai, et Shitenhouji.

2150 A.D. La bataille contre les Festum, les formes de vie en silicium venues de l'espace, a atteint une nouvelle dimension. Le Meir polaire nord qui avait été écrasé lors de la première opération Azure avait dispersé ses fragments dans le monde entier. Ils ont tous commencé leur activité en tant que Meirs indépendants cherchant le conflit avec l'humanité.

Sur une petite île japonaise isolée de tout, la vie semble s'écouler tranquillement jusqu'au jour où une entité gigantesque inconnue fait son apparition non loin de là et commence à attaquer l'île. Seuls les enfants ne comprennent pas ce qui se passe et sont rapidement évacués dans des abris souterrains. Les adultes quant à eux, savent comment réagir. En quelques instants, des champs de force sont activés autour de l'île et un véritable arsenal de guerre caché au milieu de la ville est déployé afin de faire face à cette entité qu'ils nomment Festum.

Manji est un samouraï grossier et violent, doté d'une capacité spéciale : il ne peut pas mourir. Maudit d'immortalité par la nonne Yobikuni en punition de ses actes impitoyables, il s'est lassé de sa vie sans âge. La seule façon de lever la malédiction est de tuer un millier d'hommes mauvais. Manji erre donc au Japon, versant le sang des méchants dans sa quête pour mourir enfin.

Après avoir gagné le Championnat du Kantô, voilà les joueurs du club de tennis du collège Seishun lancés dans le Championnat National. Cette fois-ci, en plus des meilleures équipes de la préfecture du Kantô, les meilleures équipes à l'échelle nationale se retrouvent face à face afin de remporter la victoire. Avec Ryôma de retour, Seigaku est plus que jamais prêt à affronter de nouveaux adversaires venus de loin, mais également ceux déjà rencontrés, encore plus redoutables que lors des matchs précédents.

Suite de Soukyuu Fafner Dead Aggressor - Exodus