Satoshi Itomura est méticuleux sur les scènes de crime pour appréhender les auteurs de crimes. Il cherche la solution au travers des biens de la victime. Il es mal vu par ses collègues de la première division car il mène des enquêtes sans autorisation et en dehors de toute hiérarchie. Miyuki Oda, enquêteuse débutante, va découvrir par le détective scientifique une autre manière de résoudre des crimes.

Le détective Ukyo Sugishita enquête sur les affaires criminelles selon ses propres méthodes. Ukyo sera accompagnés de différents partenaires au fil des saisons.

L'histoire suit les aventures d'un jeune garçon nommé Sacha dont le but est de devenir un jour Maître Pokémon. Pour cela, il va faire connaissance d'un Pikachu à très mauvais caractère au début, mais qui va vite devenir par la suite son meilleur ami. Sacha va aussi rencontrer d'autres dresseurs avec qui il partagera ses aventures. Lors de son voyage dans plusieurs régions, il va devoir continuer à progresser pour découvrir de nouveaux Pokémon et peut-être les capturer. Et avec ces derniers comme amis, il va aussi devoir affronter des groupes de bandits, surtout la Team Rocket. Mais il va aussi faire face à d'autres personnes malintentionnées. Heureusement, Sacha peut compter sur ses amis pour l'aider. Ensemble et parfois avec d'autres personnages en plus, la grande quête leur réservera bien des surprises...