300 ans après notre ère, la Terre vit meurtrie des blessures causées par l'inconscience de l'homme. Le monde est désormais dominé par la toute puissance des esprits de la forêt qui infligent à l'humanité leur colère pour les souffrances passées. Dans ce nouveau monde, coexistent deux cités : Ragna, qui œuvre pour le retour de la civilisation, et la Cité Neutre, qui prône l'harmonie avec la forêt. Mais le destin s'en mêle lorsqu'Agito réveille par hasard Toola, une jeune fille du temps passé, conservée mystérieusement dans un sanctuaire interdit. Le fragile équilibre qui régente cette Terre est à nouveau menacé par l'apparition de celle à qui le passé a confié une mission : Toola.

En 2012, tous les êtres de sexes masculin ont été décimés à la suite de la contamination d’un gène. L’espèce humaine est donc en voie d’extinction car si quelques femmes restent encore en vie, elles n’auront évidemment aucune descendance. Les survivantes sont alors partagées entre les résignées qui veulent profiter de leur vie et celles qui cherchent n’importe quel moyen pour assurer la survie de l’humanité. C’est alors qu’un nouvel espoir apparaît avec l’échantillon ICE.

L’intrigue met en scène Celebi, qui revient du futur pour tenter d’empêcher l'affrontement entre les légendaires Pokémon Raiku, Entei et Suicune. Pendant ce temps, Sasha, Pierre et Aurore se dirigent vers la ville de La Couronne pour assister à la compétition mondiale de cuisine. Ils rencontrent alors Zorua, un Pokémon à la recherche de sa maman lorsque la ville se fait attaquer…

L'épisode s'ouvre sur Massko qui s'empare du Rouage du Temps de la Caverne Calcaire avant de fuir l'arrêt du temps qui le poursuit. Suite au générique, un Ouisticram apparaît, caché derrière l'un des totems devant la Guilde de Grodoudou d'où, alors qu'il hésite à entrer, il assiste à l'expulsion de l'équipe Coupe-Vent qui refusait de partager ses gains avec la Guilde.