Chil Kang Woo est un humble officier pendant la période Joseon. Chil Woo n'est pas très intelligent et un de ses objectifs à long terme est de devenir un agent de midlevel. Toutefois, lorsque la nuit tombe, il n'est plus que le faible officier mais plutôt un grand assassin dans une organisation d'assassins. Il punit les criminels et rend justice en cas de besoin. So Yoon et Chil Woo ont une histoire d'amour tragique. Yeon Doo est la fille d'un homme qui possède un magasin de textiles. Elle tombe amoureuse de Chil Woo après qu'il l'est sauvé des mains de voyous qui l'a harcelé.

Go Eun Chan est une jeune fille qui n'a pas une vie facile. Elle enchaîne les petits boulots afin de subvenir aux besoins de sa famille et a pour ainsi dire totalement abandonné sa féminité. Un jour, elle rencontre Choi Han Gyeol, le jeune héritier d'une grande société de café. La grand-mère de ce dernier lui demande de se trouver une compagne fixe et lui organise pour cela des rendez-vous arrangés. Lorsqu'il rencontre Eun Chan pour la première fois, il la prend aussitôt à tort pour un garçon et lui propose de devenir son "petit ami", afin de gâcher les rendez-vous en faisant croire qu'il est attiré par les hommes. Eun Chan qui a terriblement besoin d'argent accepte sa demande. Pour le punir, sa grand-mère décide de lui donner à charge un café miteux prêt à tomber en ruine, Han Gyeol accepte et transforme le "café des princes" en "Coffee Prince". Eun Chan profite alors du fait que celui-ci la prend pour un garçon pour le supplier de lui donner un travail au sein du café. Cependant des sentiments différents commencent à naître entre Eun Chan et Han Gyeol. Mais comment celui-ci fera-t-il face à son "homosexualité" ?