Il y a vingt-huit ans, des extraterrestres entrèrent en contact avec la Terre... Ces visiteurs d'au-delà des étoiles étaient des réfugiés et furent installés dans le District 9, en Afrique du Sud, pendant que les nations du monde se querellaient pour savoir quoi en faire... Depuis, la gestion de la situation a été transférée au MNU (Multi-National United), une société privée qui n'a pas grand-chose à faire du sort de ces créatures, mais qui fera d'énormes bénéfices si elle arrive à faire fonctionner leur extraordinaire armement. Jusqu'à présent, toutes les tentatives ont échoué: pour que les armes marchent, il faut de l'ADN extraterrestre. La tension entre extraterrestres et humains atteint son maximum lorsque le MNU commence à évacuer les non-humains du District 9 vers un nouveau camp.

À Johannesburg, en Afrique du Sud, Jodie Snyman enquête sur une série de meurtres impliquant des hommes du gouvernement. Durant son investigation, elle découvre alors qu'un tueur en série fait justice lui-même en éliminant un par un les hommes qui ont participé aux enlèvements, aux meurtres et aux viols de jeunes filles. A chaque fois, le meurtrier grave les initiales des disparues sur les hommes qu'il assassine.

L’U.S. Marshal Mason Pollard, spécialisé dans « l’effacement » de personnes, simule la mort de témoins à haut risque. Grâce aux avancées technologiques de ces 25 dernières années, le dispositif s’est amélioré, et c’est lors d’une journée comme les autres au bureau qu’il est affecté à Rina Kimura, la femme d’un criminel qui a décidé de détourner des preuves d’État. Alors que les deux s’enfuient au Cap, en Afrique du Sud, avec une bande d’assassins sans pitié à leur poursuite, Pollard découvre qu’il a été piégé. Doublement trahi et stimulé par l’adrénaline, il doit donner le meilleur de lui-même ou il sera celui qui sera effacé définitivement.