Jeux Olympiques de Munich, 5 septembre 1972. Un commando de terroristes palestiniens prend en otages puis exécute 11 membres de l'équipe sportive israélienne, sous l'œil des téléspectateurs du monde entier. Inspiré de faits réels, Munich retrace le parcours de 5 agents israéliens chargés de traquer les 11 palestiniens considérés comme les commanditaires de l'attentat. Pour mener à bien cette mission, les 5 hommes devront renoncer du jour au lendemain à leur identité, et s’exposer à tout moment à la vengeance de leurs cibles.

En Allemagne, sous le IIIe Reich, alors que les nazis multiplient les autodafés, Max Vanderburg, un jeune juif esseulé, trouve refuge auprès de Hans et Rosa Hubermann, qui vivent dans les environs de Munich, tout près du camp de Dachau. La jeune Liesel, dont la mère ne peut s'occuper, est elle-même élevée par le couple. Elle se prend d'affection pour le jeune homme. Celui-ci est contraint de rester caché dans la cave et ne doit surtout pas sortir sous peine d'être arrêté et envoyé dans les camps. Pour le distraire, Liesel, passionnée de lecture, se met à voler des livres. Mais rapidement, l'étau se resserre autour de la famille…

Face aux violences de son père, Carla décide de quitter Berlin pour aller faire ses études à Lyon. Mais après s'être fait voler ses papiers, elle se retrouve livrée à elle-même dans la gare de Berlin. Elle fait alors la connaissance de Rico. Après avoir passé la nuit avec elle, le jeune homme emmène Carla sur le chantier où il travaille, et lui présente Lucie et son frère Michael. Lorsque Carla s'apprête à repartir pour Lyon, et se rend compte qu'elle est enceinte de Rico, Lucie, qui rêve de fonder une famille, la supplie d'aller jusqu'au bout de sa grossesse et de lui confier le bébé.