Pendant la guerre de Sécession aux États-Unis, deux familles sont mises à l'épreuve : les Stoneman, favorables au Nord, et les Cameron, des sudistes. Le retour de la paix ne calme pas les esprits. Lincoln est assassiné. Les troubles naissent des politiciens véreux et des Noirs livrés à eux-mêmes. Par réaction se crée le Ku Klux Klan justicier et vengeur.

À travers l'image d'une femme berçant un enfant, quatre épisodes de l'intolérance sont racontés dans une fresque monumentale. Un épisode moderne sur un gréviste condamné à la pendaison. Un épisode biblique lors d'une noce à Cana. Un épisode des guerres de religion au temps de Charles IX. Un épisode chaldéen. Dans tous l'intolérance l'emporte sur l'amour.