Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de leur organisation.

Paris 1930, Henri Charrière dit "Papillon", est condamné à la prison à vie pour un meurtre qu'il n'a pas commis. Il est envoyé au bagne de Cayenne, en Guyane, où il y fera la connaissance de Louis Dega, un célèbre faussaire. Déterminé à s’évader par tous les moyens, Papillon fera équipe avec Louis, pour trouver le moyen de s’échapper de cet enfer.