Pendant que Rena et Maki se remettent de leurs blessures, les autres membres du SORD s'envolent à l'étranger pour un voyage scolaire. Quelques instants après leur arrivée, cependant, le gang Mihama est entraîné dans une chasse à l'homme pour un déserteur du SORD, assisté par l'étudiante Sylvia et Velvet de l'école internationale de St. Aile. Tohka est la star de la série cette fois-ci, mais elle est aux prises avec ses propres problèmes : de vieux souvenirs de ses parents et une promesse faite à un ami qu'elle n'a pas pu tenir…

Après les incidents impliquant Heath Oslo, l'existence de l'organisation anti-terroriste américano-japonaise, connu sous le nom de CIRS, est maintenant connue du public. Le CIRS a été reconstruit à partir de zéro et ses fonctions les plus dissimulées ont été transférées dans une nouvelle agence : SORD (Social Ops, Research & Development). Le but principal de SORD est d'entraîner une nouvelle génération d'espions pour défendre le pays des menaces futures. Pour parvenir à ses fins, l'organisation a fait construire de nombreuses écoles dans le pays. L'académie Mihama, laissée à l'abandon après sa fermeture soudaine, est devenue une école de formation spécialisée. Ainsi, cette nouvelle académie Mihama abrite différents groupes d'étudiants qui, chaque jour, travaillent durement pour améliorer leurs compétences. Ces étudiants mettent leur propre sécurité en danger en se plongeant dans diverses missions extrajudiciaire, le tout pour le bien du pays.