L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.

Quatre années sont passées. "Moi, Dômyôji Tsukasa, ai formellement décidé de me marier au printemps prochain ! Je vais épouser la femme qui m'est destiné, qui a capturé mon cœur et qui ne le laisse pas partir, Tsukushi Makino !" Dans un hôtel japonais, Tsukasa donne une conférence de presse pour annoncer cette nouvelle au monde entier. Nous voyons ensuite Tsukushi visée par les programmes de télévision la saluant comme une Cendrillon des temps modernes. S'ensuit la remise des présents d'engagement des deux familles respectives. Kaede Dômyôji, la mère de Tsukasa, qui avait toujours été contre la relation de son fils avec Tsukushi, offre à cette dernière une tiare de dix milliards de yen comme preuve qu'elle accepte leur union. La tiare nommée "Le Sourire de Vénus" est un héritage transmis depuis des générations par les femmes de la famille Dômyôji.

Un groupe d'adolescents est retrouvé massacré dans une forêt. Seule une jeune fille est indemne mais en état de choc. Suspectée de meurtre par la police, Misa Kuroi voit bientôt sa vie réduite en miettes par des journalistes avides de scoops qui la font passer pour une sorcière ayant pratiqué un atroce sacrifice. Incapable de se souvenir de ce qui s'est réellement passé, elle ne trouve du réconfort que chez son amie Hitomi et le petit ami de cette dernière, bien décidés à l'aider à mettre fin à ce délire collectif. Certains évènements inexplicables vont pourtant semer le doute... Et si, après tout, la fragile Misa possédait réellement le plus destructeur des pouvoirs ?

Yukari Hayasaka se rend tous les jours dans une école privée prestigieuse à Tokyo, mais depuis peu, Yukari a des doutes quant à son mode de vie jonglant entre les cours normaux et ses cours spécialisés la préparant à des études supérieures selon le désir de ses parents. Un jour, elle est repérée comme mannequin par un designer en herbe du nom de George Koizumi. Yukari est intriguée par le monde de la mode, mais en voyant les différentes personnes qu'elle rencontre poursuivre leurs rêves avec un seul but en tête, elle va alors décider de trouver finalement son propre chemin.

L’intrigue met en scène Celebi, qui revient du futur pour tenter d’empêcher l'affrontement entre les légendaires Pokémon Raiku, Entei et Suicune. Pendant ce temps, Sasha, Pierre et Aurore se dirigent vers la ville de La Couronne pour assister à la compétition mondiale de cuisine. Ils rencontrent alors Zorua, un Pokémon à la recherche de sa maman lorsque la ville se fait attaquer…