Deux ans après s'être résolus à fermer la Mystère & Cie, le super-chien Scooby-Doo et ses amis Fred, Daphné, Sammy et Véra se retrouvent sur Spooky Island. Les 5 limiers au flair inimitable ont été appelés sur place après une cascade d'incidents paranormaux dans l'immense parc d'attractions de Spring Break. L'excentrique Émile Mondavarious, le maître de l'île, craint que le site ne soit réellement hanté, et compte sur la joyeuse bande pour résoudre au plus vite ces troublantes énigmes et mettre un terme à la fuite de sa richissime clientèle.Oubliant leurs petits désaccords, les cinq acceptent avec enthousiasme cette périlleuse mission. Faux esprits, monstres bidons, effets spéciaux... Scooby-Doo et ses copains croyaient avoir tout vu. Mais à Spooky Island, ils ne sont pas au bout de leurs surprises.

Coolsville n'est plus cool du tout... Un mystérieux scélérat masqué prend un malin plaisir à terroriser ses habitants. Il prend l'apparence de monstres et de fantômes que Scooby-Doo et sa bande ont déjà mis sous les verrous. Sous la pression de la presse et de la population locale, le célèbre chien et ses amis se lancent dans une enquête pour découvrir qui se cache derrière ces étranges apparitions.