Ryoata, un architecte obsédé par la réussite professionnelle, forme avec sa jeune épouse et leur fils de 6 ans une famille idéale. Tous ses repères volent en éclats quand la maternité de l'hôpital où est né leur enfant leur apprend que deux nourrissons ont été échangés à la naissance : le garçon qu’il a élevé n’est pas le sien et leur fils biologique a grandi dans un milieu plus modeste…

Seki Oriko, dite OKKO, est une petite fille formidable et pleine de vie. Sa grand-mère qui tient l’auberge familiale la destine à prendre le relais. Entre l’école et son travail à l’auberge aux côtés de sa mamie, la jeune Okko apprend à grandir, aidée par d’étranges rencontres de fantômes et autres créatures mystérieuses !

Après un attentat contre le roi Richard, des assassins s'en prennent à la princesse Mary, la prochaine à accéder au trône. L'équipe du Pigeon blanc doit la protéger tout en localisant les bombes mortelles de Cavorite - un exploit difficile quand Ange est la sœur déguisée de la princesse Mary.

Alors que se déroulent les funérailles du prince Edward assassiné, qui était le premier à succéder au trône, les nobles du royaume d'Albion discutent de sujets tels que la succession de la princesse Mary, deuxième du nom, ou du duc d'Arkham, troisième du nom, le prince Richard, et de la façon dont le duc de Normandie agira.

L’histoire se déroule 10 ans après la fin de la « Grande Unification » du film précédent, qui a amené les habitants du monde virtuel du Scub Coral dans le monde réel. La population du monde est maintenant divisée entre la Terre verte, les gens du monde du Scub Coral, et la Terre bleue, les gens du monde réel. Leur coexistence est loin d’être pacifique, de nombreux conflits se déroulant en coulisses. Dewey Novak, le chef militaire de la Terre Verte, décide de mener des attaques terroristes pour se protéger. Eureka, détestée par le monde entier en tant que symbole et origine de la division du monde, travaille désormais en tant qu’agent militaire de haut niveau au sein de l’agence d’opérations secrètes de l’ONU, A.C.I.D., luttant toujours pour protéger une paix fragile comme une forme d’expiation.