Beethoven part en vacances, avec Sara et son oncle Freddie, dans un ancien village de mineurs. Toujours aussi malicieux, Beethoven va déterrer un ancien billet de 10 dollars... Aussi, quand les villageois découvrent que ce billet est l'ultime indice pour retrouver une véritable fortune cachée, ils veulent tous devenir le meilleur ami de Beethoven.

Une scientifique, injecte à des oeufs de poulet des gènes d'animaux préhistoriques, souhaite ainsi ramener les dinosaures à la vie.

Casper se lie d'amitié avec une jeune sorcière, nommée Wendy. Mais Desmond, l'oncle de Casper, est bien décidé à mettre un terme à cette nouvelle idylle...

Des terroristes attaquent un cargo mais découvrent qu'il contient des dinosaures génétiquement modifiés. Le commando militaire chargé de garder secret le contenu du cargo va à son tour découvrir la menace des dinosaures...