2025, cinq ans après les attaques terroristes dévastatrices qui ont mis fin aux Jeux Olympiques de Tokyo 2020. L'ONU a pris le contrôle de l'ancien site olympique sur le bord de la baie de Tokyo, en le plaçant au-delà de la juridiction du Japon. Hana Togetsu est une élève de lycée de 17 ans qui vit dans la région. Elle n'est pas une adolescente typique, elle appartient à une unité spéciale dirigée par l'ONU. Hana est envoyé en mission en tant qu'étudiante de transfert vers un lycée public sur l'île d'Enoshima. Sa cible: Shunichi Nanase, un garçon de sa classe. Comme Hana est sur le point d'entrer en contact avec sa cible, un homme d'âge moyen apparaît à l'école demandant Shunichi. La situation devient critique lorsque l'armée américaine arrive à l'école à la poursuite de l'homme. Comme l'effusion de sang dégénère, une autre adolescente commence à faire son chemin vers l'île pour sortir de l'impasse.

Quatre lycéennes en uniforme marchent silencieusement sur une terre stérile. Ces filles sont des voyageuses temporelles qui ont été envoyées 6000 ans dans le futur, où le même jour est sans cesse répété, afin d'échapper à l'extinction humaine. Elles ont étudié le voyage temporel à l'école, ont été examinés et ont été envoyées dans le futur comme on leur avait dit. Que doivent-elles faire maintenant ? Elles en n'ont aucune idée. La seule chose qu'elles pouvaient emporter avec elles dans le futur était une torche et une sorte de téléphone portable qui ressemble à un jouet. Bien entendu, il ne reçoit aucun signal dans le futur. Au cours de leur marche, les filles voient d'étranges oiseaux volant dans le ciel et une rivière décolorée au loin. Puis, une jeune fille découvre une maison abandonnée et reconnaît le nom inscrit sur la porte d'entrée...

L'histoire nous entraîne au cœur des aventures de l'escadron Kotobuki, composé des meilleures pilotes. Il s'agit d'un film compilant la série animée en rajoutant des scènes supplémentaires.

Madoka Kaname, une collégienne ordinaire, ainsi que sa meilleure amie Sayaka Miki, se voient offrir la chance de pouvoir réaliser tous les voeux qu'elles souhaitent par le mystérieux Kyubey, ainsi que de devenir Magical Girls et d'affronter les sorcières. Toutefois, leur camarade Magical Girl Homura Akemi semble déterminée à empêcher Madoka de devenir une Magical Girl à tout prix. Puella Magi Madoka Magica le Film Partie 1: Au Commencement est une redite de la première moitié de la série animée.

Homura Akemi sauve de justesse Madoka Kaname, Kyôko Sakura et Sayaka Miki des mains d'une puissante sorcière. Les jeunes filles découvrent alors que Sayaka est désormais une sorcière, et qu'il est impossible de la sauver. Kyôko décide d'aller la combattre pour tenter de la faire revenir à la raison. De son côté, Homura prépare son plan qui consiste à combattre la nuit des Walpurgis, une très puissante sorcière et à protéger coûte que coûte Madoka de son destin