Neo apprend à mieux contrôler ses dons naturels, alors même que Sion s'apprête à tomber sous l'assaut de l'Armée des Machines. D'ici quelques heures, 250 000 Sentinelles programmées pour anéantir notre espèce envahiront la dernière enclave humaine de la Terre. Mais Morpheus galvanise les citoyens de Sion en leur rappelant la Parole de l'Oracle : il est encore temps pour l’Élu d'arrêter la guerre contre les Machines. Tous les espoirs se reportent dès lors sur Neo. Au long de sa périlleuse plongée au sein de la Matrix et de sa propre destinée, ce dernier sera confronté à une résistance croissante, une vérité encore plus aveuglante, un choix encore plus douloureux que tout ce qu'il avait jamais imaginé.

Une équipe d’écologistes tente de retracer la route prise par l’inssaisissable léopard de Jan. L’expédition dans les profondeurs de la jungle indonésienne devient de plus en plus bizarre et se transforme rapidement en véritable enfer ! Un animal, hors de son milieu habituel, est traqué par un prédateur invisible et mortel. L'équipe se rend alors compte qu’il s’agit d’une nouvelle espèce qui ne craint pas les humains, et pour cause : ceux-ci font office de nourriture !

Rhoda Williams, brillante jeune diplômée en astrophysique, rêve d’explorer l’espace. John Burroughs est un compositeur au sommet de sa carrière qui attend un deuxième enfant. Le soir une autre planète semblable à la Terre est découverte, la tragédie les frappe et les vies de ces étrangers deviennent inextricablement liées l’une à l’autre.

La longue quête de liberté des rebelles culmine en une bataille finale explosive. Tandis que l'armée des Machines sème la désolation sur Sion, ses citoyens organisent une défense acharnée. Mais pourront-ils retenir les nuées implacables des Sentinelles en attendant que Neo s'approprie l'ensemble de ses pouvoirs et mette fin à la guerre ? L'agent Smith est quant à lui parvenu à prendre possession de l'esprit de Bane, l'un des membres de l'équipage de l'aéroglisseur. De plus en plus puissant, il est désormais incontrôlable et n'obéit plus aux Machines : il menace de détruire leur empire ainsi que le monde réel et la Matrice…